机能自主（functionalautonomy）是奥尔波特人格理论中最具特色，对动机理论贡献最大，同时也是争议最多的一个假说。“任何习得的动机系统中，其所含有的动力不是该习得系统发展时原有的动力，就可称之为机能自主作用”（Allport，1961）换而言之，人类的有些动机（并非全部），在机能上是独立于行为起源的原始动机的。奥尔波特认为，如果一种动机在机能上是自主的，那么它本身就是对行为的解释，人们无须在其之外去探查隐蔽的动机，或者追根溯源去寻找最初的原因。换句话说，如果攻击是一种机能自律动机，那么施虐者的行为就无须追溯到童年时期的创伤经验或者惩罚经验。也就是说，攻击特质本身就是攻击行为最好的最直接的解释。奥尔波特用下述例子阐述了这一概念：
一个当过水手的人向往大海；一位音乐家在被迫同乐器分离后渴望回到它身边；一位吝啬鬼多年来不断地积累钱财。水手开始是为了谋生才去航海。海成为他饥饿内驱力的第二强化物。水手现在可能已经成为了一个富有的银行家，没有再继续航海的必要，但他仍然喜欢航海。音乐家可能开始时为人们对他演奏的不认可而奋发图强，而现在，他热爱自己的音乐胜过了一切其他动机，成为他演奏的直接动力。吝啬鬼原本可能因贫穷而变得节俭，但在贫困过后的岁月里，吝啬得以保持下来并表现得更为强劲。（奥尔波特，1961，pp.227）
奥尔波特之所以提出机能自主这一概念，是因为他看到了儿童行为与成人行为之间的巨大差异。儿童以反应性行为为主，受外周动机（peripheralmotives）驱使，健康成人发展出更多的前摄行为。奥尔波特认为，机能自主在这种转变过程中起到了中介的作用，并且这种转变根源于生物学基础，不过目前还没有来自神经生物学方面的具体有力证明（奥尔波特，1961，pp.244～245）。
奥尔波特认为机能自主性有两个水平：持续机能自主与统我机能自主。
（1）持续机能自主
持续机能自主（perseverativefunctionalautonomy）是两种机能自主中层次较低的一种，指的是先前经验对其后行为的持续影响作用，它涉及个体的习惯方式，与个体兴趣、爱好无关。持续机能自主在动物与人类个体中都存在，比如一只为了获得食物而学会了走迷宫的白鼠，在撤销食物强化之后，走迷宫的行为仍然继续，显然，后来的行为动机已与前者有所不同；对人类个体而言，酗酒、吸毒、抽烟均是持续性机能自主的表现；著名的蔡加尼克效应是持续机能自主的典型例证，意即个体未完成的任务会诱发个体继续完成的动机。奥尔波特举例说，给一个大学生500块拼板迷图，每拼成一片付以1角钱的报酬，假定他原本对拼图并无兴趣，只是为钱而来，又假定总报酬只有45元，也就是说在拼完450片之后报酬消失，那么在没有奖励的情况下他会完成剩下的50片吗？许多研究支持拼图行为将会继续，新产生的紧张促使个体完成未完成的任务，此时行为的动机已与报酬无关，它是机能自主的。
（2）统我机能自主
统我机能自主（propriatefunctionalautonomy）是较为高级的心理过程，由兴趣、爱好、态度、生活方式等高级过程组成的自主系统，指的是那些与统我有关的自我维持的动机。如能力转化为兴趣，获得的兴趣和价值又具有选择新兴趣、价值的功能。例如，一位科研工作者最初研究仅仅是为了生计，他对科研毫无兴趣，但后来的几年，他发现了科研的价值与意义，产生了浓厚的兴趣，这时虽然他不再为生计忧虑，科研却已成为他生活的重要一部分。
（3）非机能自主的过程
