1587年10月，纳瓦尔的亨利在英国和德国新教诸侯的支持下，大败亨利三世于库特拉。1588年5月，吉斯的亨利煽动巴黎群众筑街垒，包围罗浮宫反对亨利三世。亨利三世逃离巴黎，派人刺死吉斯的亨利。吉斯集团策动叛乱，立年迈的洛林红衣主教查理为国王，称查理十世，由著名的干将马延公爵任王国总监。亨利三世走投无路，只好联合纳瓦尔的亨利（1589年4月）。纳瓦尔的亨利表示他的军队听从国王指挥，共同向巴黎进军。亨利三世感激涕零，决定将王位继承权交给这位胡格诺妹夫。这是对吉斯集团和西班牙的沉重打击，也使纳瓦尔的亨利的身价倍增。8月1日，亨利三世被狂热的多明我会修士雅克·克勒芒刺伤，次日死去。三亨利只剩下一个亨利，三亨利之战结束。纳瓦尔的亨利登上王座，称亨利四世（1589—1610年在位），开始了法国历史上的波旁王朝。
亨利四世即位之初，地位并不巩固。全国仅有5个城市承认他，信仰天主教的巴黎拒绝承认这位新教徒国王，教皇扬言要把这个异端国王开除出教。马延公爵在西班牙支持下围攻里昂，继续与他作战。亨利四世在英军支援下，先后在阿尔克（1589年9月）和伊夫里（1590年3月）重创马延公爵军队，但巴黎还是不向他打开城门。1591年，西班牙军队进驻巴黎，要立菲利普二世的公主为法国国王。1586年，处于水深火热的诺曼底农民发动起义。亨利四世审时度势，决定用和解方法结束战争。他认为，为了巴黎是值得做弥撒的。1593年7月25日，他在巴黎郊区的圣德尼斯大教堂举行放弃新教皈依旧教的宣誓式，在一片“国王万岁”的欢呼声中，他发誓放弃异端信仰，领了圣体。1594年2月25日，亨利四世在夏尔特加冕。3月22日，巴黎打开城门欢迎亨利四世，当晚西班牙军撤离，法国各地纷纷归附，胡格诺战争结束。
四、《南特敕令》
旷日持久的胡格诺战争给法国带来了巨大的灾难。人心思定。亨利四世上台后，结束胡格诺战争，实现了国内和平，自然在群众中享有很高威信。恩格斯写道：“在胡格诺教徒战争期间，作为民族代表的王权受到那样大的尊重，以致只有国王同外国订立的同盟和关于军事援助的条约才被认为是合法的并为舆论所承认。其他人在社会舆论看来总是叛乱者和叛徒。亨利三世逝世后这一点表现得最明显，那时亨利四世只是靠了国王称号的影响才获得了最后胜利。”[7]
亨利四世虽然取得了很大成就，但仍有许多内政、外交问题等待解决。例如，西班牙干涉军尚未完全撤走；国库空虚，债台高筑，加税又引起群众的不满。从1593年到1595年，西南方的普瓦提埃、桑通日、马尔什、里摩日和佩里格等地爆发了大规模的克洛堪起义。“克洛堪”意思是鼠类，是农民对税吏和贵族的蔑称。起义者十分痛恨税吏和贵族，要像打老鼠一样杀死他们，不管他们是天主教徒还是胡格诺。胡格诺问题仍未解决。就在亨利四世改宗天主教的那年冬天，愤怒的胡格诺在芒特集会，宣誓继续忠于自己的信仰。1594年5月，即亨利四世进入巴黎后不久，他们在斯蒂福召开大会，发泄不满，并商定每年开一次大会商讨对策。在1595年的索米尔大会上，胡格诺要求有权与天主教徒一样担任官职，有权保有所占地区和在全国建立组织。有人还散发传单，扬言攻打图勒，卷土重来。
