持续达65年之久的意大利战争使交战各方精疲力竭。1559年3月12日，亨利二世与西班牙王菲利浦二世签订《卡托-坎布雷西和约》，正式结束了意大利战争。和约规定：法国收复加来，得到梅斯、图勒和凡尔登三个主教区，退出意大利；西班牙得到意大利大部地区，包括米兰、那不勒斯、西西里等。长期的战乱使意大利遭到严重破坏，经济衰落。查理五世的威信急剧下降，他的帝国在战争末期瓦解。法国战败后，国内矛盾加剧，爆发了长期内战，即胡格诺战争。
二、宗教改革的开始
百年战争末期，法国的王权日益强大。1438年，查理七世颁布《布尔日国事诏书》。诏书根据巴塞尔宗教会议的决议[3]，宣布宗教会议的权力高于教皇，有权任命包括主教在内的高级神职人员和修道院长，除特殊情况外不向罗马缴纳上任年贡，任何未经初审的宗教案件不得上诉罗马。诏书虽未完全割断法国教会与罗马教廷的联系，却在一定程度上限制了教廷的人事、财政和司法权，向教会自主，即建立法国民族教会迈出了重要的一步。
1516年，弗朗西斯一世与教皇利奥十世签订《博洛尼亚协定》，取得任命法国高级神职人员的权力，但任命须经教皇批准，法国则部分恢复缴纳给罗马的上任年贡。法王往往推举亲信担任教会要职，或者把教职空起来占有其收益，实际上控制了法国的教会和教产，使之变成专制王权的支柱。[4]由于法国的天主教会基本掌握在国王手里，所以法国没有进行广泛、深入的宗教改革。
1512年，法国的人文主义者雅克·勒费弗尔·戴塔普尔提出接近后来路德的唯信称义思想。他认为称义完全是上帝白白的恩赐，与善功没有关系。1516年，他与法莱尔等一批具有新思想的人前往莫城，与他的朋友、莫城主教威廉·布利松涅会合，人称“莫城小组”。莫城小组在弗朗西斯一世之妹昂古莱姆的玛格利特支持下积极活动，他们宣讲福音、撤去圣像，用法语做礼拜，影响很大。戴塔普尔并不否认教皇和教会的作用，他本人始终是天主教徒，但他的弟子中有不少人成为新教徒并为宗教改革运动做出了贡献。
1519年，即马丁·路德贴出《九十五条论纲》、点燃宗教改革运动烈火后不久，巴黎街头公开出卖他的著作。弗朗西斯一世赞成路德政权高于教权的思想，同时也出于外交考虑，公开支持德国的新教诸侯，对法国的新教徒暂时采取容忍态度。1534年10月，宣传宗教改革的传单贴满巴黎和奥尔良的大街小巷，甚至贴在王宫的大门上，史称“传单事件”。以勇敢著称的“骑士国王”弗朗西斯一世被群众运动吓破了胆，转而迫害新教徒，以维护封建统治。于是，300多新教徒被捕，几十人被烧死。这时，加尔文受到迫害，难以立足，改名换姓逃往巴塞尔，继续从事宗教改革活动。
从16世纪40年代起，加尔文教在法国流传。在南方的普罗旺斯和朗格多克，有分立情绪的贵族和一部分资产阶级分子皈依加尔文教。法国南方并入王室较晚，仍保有中世纪某些特权，再加上国王常从北方贵族中选派人员去南方担任官吏，因而引起南方贵族对中央的不满。1544年，弗朗西斯一世与查理五世签订新的和约后，变本加厉地迫害新教徒。根据1545年的敕令，有3000多人被杀，其中包括许多妇女和儿童。亨利二世上台后，设立专门法庭迫害新教徒，人称“火焰法庭”。进入16世纪50年代以后，巴黎、莫城、奥尔良、里昂等地的加尔文派开始建立独立的组织。加尔文不断派遣经过培训的牧师从瑞士潜回国内，做了大量宣传和组织工作。1559年5月，在加尔文的倡议下，法国的加尔文教徒在巴黎市郊的圣日耳曼举行首次代表大会，成立法国新教会。法国的加尔文派教徒称“胡格诺”，意思是“同盟者”。
