1189—1192年，德皇红胡子腓特烈一世、英王狮心王理查和法王奥古斯都·菲利普二世亲自领导了第三次十字军远征。此时，信仰基督教的拜占庭已经与信奉伊斯兰教的萨拉丁结成盟友。而红胡子怀有吞并拜占庭的野心，他支持拜占庭的近敌伊科尼亚苏丹，对拜占庭构成南北夹击之势。但是，红胡子于1190年6月在小亚过河时溺水而死，3万名德国十字军未到达巴勒斯坦就打道回府了。1191年初，当英、法十字军到达小亚时，因两国间矛盾重重，法王不仅先返回欧洲，还与德皇亨利六世结成了反英同盟。此时，英军已逼近耶路撒冷，但遇到穆斯林的顽强抵抗。1192年，双方签订停战协定：耶路撒冷仍归穆斯林，基督徒可以自由前往朝圣；十字军则保留从推罗（苏尔）到雅法之间的狭长地带。同时，耶路撒冷王国迁都阿克，因而成为没有耶路撒冷的耶路撒冷王国。
教皇英诺森三世即位后不久，就着手组织第四次十字军东侵（1202—1204年）。参加者主要是法国、德国、意大利的骑士，但起支配作用的却是威尼斯商人。第四次十字军东侵的最初目的是要捣毁萨拉丁·阿尤布的统治中心埃及。但因十字军缺乏渡海船只，他们只得请求威尼斯人给予帮助。威尼斯总督利克·丹多诺（1192—1205年在位）却开出了这样的条件，即威尼斯人获得85000银马克的报酬、平分战利品和侵占的土地。当十字军无法交足款项时，威尼斯人遂提出以占领达尔马提亚的扎达尔城作为抵偿债务的要求。尽管该城居民和十字军骑士一样同为基督徒，他们却是威尼斯商人无法容忍的竞争对手。1202年11月扎达尔陷落后，遭到了十字军的大肆抢掠。
正值此时，拜占庭发生了王位之争，被废皇子阿历克塞西逃德国，请求他的姐夫——德皇腓特烈二世帮忙，德皇则转而请求威尼斯人帮助阿历克塞恢复皇位。威尼斯人早就对商业竞争对手拜占庭人感到不满，因而爽快地接受了腓特烈二世的建议。1203年6月，在威尼斯人操纵下的十字军舰队兵临君士坦丁堡城下。1204年4月13日，君士坦丁堡被攻克，十字军在城内纵火焚烧三昼夜，全部坊肆和藏书丰富的君士坦丁图书馆化为灰烬，许多艺术珍品和古典书籍不复存在。当时人是这样描述十字军暴行的：“他们把奉祀上帝的处女用以满足贪色的青年的**欲。他们不但掠夺皇室财富，毁坏贵族和平民的财物，而且还一定要残暴地打劫教会，甚至打劫教堂的用具，把祭坛上银制饰品打得粉碎，打劫圣所，并掠走十字架和圣者的遗物。”[13]
由于十字军的残暴行径，拜占庭昔日的繁荣一去不复返了。在拜占庭的领土上，十字军还建立起一个拉丁帝国（1204—1261年），下辖色雷斯、雅典、伯罗奔尼撒、帖撒罗尼加四个封建国家，以区别于四分五裂的拜占庭。罗马教皇负责这个西欧化的拉丁帝国的宗教事务，并把东正教置于从属的地位。这样，第四次东侵彻底暴露了十字军的真实目的，揭穿了其所谓“圣战”的本质。1261年，拜占庭的巴列奥略王朝（1261—1453年）在热那亚人的支持下实现了复国，但领土大为缩小，也日益衰落了。
第四次十字军东侵以后，十字军运动本身也走向了衰落。第五次十字军东侵（1217—1221年）的参加者有德国人、英国人、荷兰人和匈牙利人。十字军进攻埃及，最后被赶了出来。第六次十字军东侵（1228—1229年）由德国、法国、英国、意大利等国骑士参加，进攻叙利亚。第七次十字军东侵（1248—1254年）主要由法国骑士参加，路易九世企图通过此举保住法国在北非的贸易阵地，因而再攻埃及。第八次也是最后一次十字军东侵（1270年）由法王路易九世率领攻打突尼斯，也以失败告终。法王因流行病而丧命北非。1291年，穆斯林收复最后一个十字军占领的据点阿克，耶路撒冷王国灭亡。
