与哥伦布开辟通往美洲新航路的同时，西班牙人就开始了对西印度群岛的征服和掠夺。1492年年底，哥伦布在海地北部建立第一个殖民据点。1496年，哥伦布之弟在海地南岸修建圣多明各城，作为统治西印度群岛的首府。西班牙殖民者以海地为基地，进而征服牙买加、波多黎各（1509年）、古巴（1512年）和整个西印度群岛，在塞维利亚设印度事务部（1511年）治理。他们“象穷凶极恶的豺狼闯进这群驯服的羔羊中”那样，对印第安人“滥施暴行，肆意屠杀”。[5]到16世纪40年代，海地岛上6万多印第安人仅剩下500人，而牙买加、波多黎各和古巴等地的几十万印第安人已被斩尽杀绝。
1519—1521年，西班牙殖民者征服了墨西哥的印第安人。墨西哥是印第安人文化的摇篮，玛雅人和阿兹特克人先后在那里创造了灿烂的文化。玛雅人是唯一有文字的印第安人，被称为“新世界的希腊人”。早在公元前1000年前，他们已培育出玉米、番茄、甘薯、南瓜、辣椒、可可、棉花和烟草，为丰富人类生活做出了重大贡献。他们创制太阳历，分1年为18个月，每月20天，剩下最后5天为禁忌日，4年一闰加1天，总长365.2420日，接近现代科学的计算。阿兹特克人已经建立奴隶制国家，中心在墨西哥城（意为“战神指定的地方”），有居民8万人，是当时世界人口众多的城市之一。1519年4月，西班牙小贵族埃尔南·科尔特斯（1485—1547年），率领约600名步兵和200名印第安人，携带10门大炮、16匹战马，分乘11艘船，在墨西哥东海岸韦拉克鲁斯登陆，向阿兹特克人的国家发动进攻。国王蒙特祖马二世（1475—1520年）派人给科尔特斯送去大量金银珠宝，请求退兵。科尔特斯则极尽挑拨离间之能事，竟与许多对蒙特祖马二世不满的部族结成同盟，于11月进入墨西哥城。蒙特祖马二世不仅不抵抗，反而亲自主持盛大的欢迎式，把科尔特斯迎进王宫里。科尔特斯设计逮捕蒙特祖马二世，并以他的名义实行统治，勒索金银珠宝。1520年6月，印第安人奋起反抗，科尔特斯一伙乘雨夜仓皇出逃，几百人被杀或落入湖里淹死，抢来的财宝落入湖底。这就是著名的“忧伤之夜”。1521年8月，科尔特斯再度率兵攻入墨西哥城，变墨西哥为西班牙的殖民地，称“新西班牙”。1523—1524年，西班牙人又侵入危地马拉、洪都拉斯、尼加拉瓜和萨尔瓦多。
1531—1533年，西班牙殖民者征服秘鲁。秘鲁是印第安人的又一个文明中心，自称为“太阳后代”的印加人在这里建立庞大的帝国。印加人擅长建筑，被誉为“印第安人的建筑工程师”。首都库斯科有金碧辉煌的太阳庙和栩栩如生的“黄金花园”。他们修建的贯通南北的大道，被认为是人类最伟大的工程之一。1531年1月，弗朗西斯科·皮萨罗（约1475—1541年）带领180名士兵，携带2门大炮、50匹战马，分乘3艘船，离开巴拿马，在秘鲁西北沿海登陆。1532年11月，皮萨罗趁印加发生王位争端之机，占领北方重镇卡哈马卡，并设伏兵突然袭击，活捉国王阿塔华尔巴，杀死2000多印加人。皮萨罗向国王勒索能填满关押他的牢房（长6.71米，宽5.19米，高2.75米，约合96立方米）的黄金和大量的白银后，又背信弃义地把他杀掉。1533年11月15日，皮萨罗带兵攻入印加首都库斯科，变秘鲁为殖民地。
接着，西班牙殖民者又征服厄瓜多尔（1534年）、哥伦比亚、玻利维亚（1538年）、智利（1541年）等南美国家。到16世纪中叶，西班牙已侵占除巴西以外的中南美洲，建立起庞大的殖民帝国。
