同年十月，隋文帝下令伐陈，任命第二子淮南道行台（驻寿春）尚书令晋王杨广、第三子山南道行台（驻襄阳）尚书令秦王杨俊及信州（今重庆奉节）总管杨素三人为行军元帅。杨广出六合，杨俊出襄阳，杨素出信州，荆州刺史刘仁恩出江陵，蕲州总管王世积出蕲春，庐州总管韩擒虎出庐江，吴州总管贺若弼出广陵，青州（治今山东青州）总管燕荣率水军出东海，“合总管九十，兵五十一万八千，皆受晋王节度”[4]。隋文帝考虑到杨广缺乏军事经验，指定尚书左仆射高颎为晋王元帅府长史，尚书右仆射王韶为晋王元帅府司马，军中大事，都取决于高颎、王韶二人。此时陈国君臣，自恃长江天险，却并不认真设防。
开皇八年（588）十一月，秦王杨俊的军队屯据汉口，有渡江规取武昌、切断长江中流模样，牵制了陈朝上游的军队下援建康。同月，杨素也从永安出兵，沿峡而下，“舟舻被江，旌甲曜日”[5]。陈朝江滨的镇戍，不断被隋军击溃和占领，上游军事的主动权，完全掌握在隋军的手中。
开皇九年（589）正月，贺若弼利用陈朝下游江防的空虚，自广陵引兵渡江，攻下京口（今江苏镇江），韩擒虎自横江浦（今安徽和县东南）渡江至采石（今安徽马鞍山西南采石矶），攻下姑熟（今安徽当涂县）。于是贺若弼自北道，韩擒虎自南道，以钳形攻势，夹击建康。钟山一战，贺若弼击溃了陈朝的主力军，韩擒虎也自新林（今南京市西南）直趋朱雀桥，攻入台城。陈后主叔宝被俘，陈亡。陈叔宝由军中押送长安，被隋文帝封其为长城公，但后主依然纵酒无度，经常大醉不醒，竟得以寿终。
燕荣自东莱郡（今山东莱州）傍海入太湖，取陈吴郡（今江苏苏州）；行军总管宇文述也进克晋陵（今江苏常州）、会稽（今浙江绍兴）。
陈朝位于长江上游的军队，也大都纷纷解甲散兵，向秦王杨俊投降，只有湘州（今湖南长沙）刺史岳阳王陈叔慎（陈后主之弟）合众抗隋，兵败被擒，斩首于汉口。随后岭南诸州，也都相继归附于隋，于是陈朝全境皆平。从西晋在永嘉末年的崩溃算起，中国经历了270余年的长期分裂局面，至此南北又复归统一。
隋朝灭陈后，将建康城邑宫室夷为平地，开辟为耕作农田，六朝故都无复昔日的豪华气象。为消弭民间的反隋武装，隋政权严令毁夺民间的盔甲、兵器，并向南方各州县派遣官员，检责户籍，百家置里长，五百家置乡正，建立国家对底层民众的直接控制。在思想领域，苏威奉敕巡抚江南，作“五教”（父义、母慈、兄友、弟恭、子孝等儒家传统的五常之教）规定不分长幼都要诵读，否则要受到责罚。这些居高临下的思想强制措施，伤害了南方民众的感情，各种政治军事措施也触及南方士族豪强的权益。于是，在隋统一的第二年即开皇十年（590）十一月，原陈朝境内爆发大规模反叛，起兵者有不少是江南门阀大族，他们攻陷州县，对隋朝政府派来的官员抽肠割肉，发泄对统一政权的仇恨，僧俗人众也被严重骚扰，不少佛寺被梵毁。
面对这一形势，隋文帝命晋王杨广接替秦王杨俊为扬州总管，内史令杨素为行军总管，南下平叛。平叛战争进行地很顺利，在隋王朝正规军的锋芒之下，各地叛军纷纷失败。岭南一带的平叛，则在地方酋帅冼夫人家族的合作下完成。叛乱的迅速平定也进一步巩固了全国统一的局面。
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图5.2 隋炀帝像
值得关注的是，晋王杨广平叛后留任扬州总管，努力改变征服者的形象，亲密交往原南朝的佛教高僧，并在扬州总管任上，置王府学士百人，其中多数出身自梁、陈政权，借助这些声誉很高的文人，杨广成功笼络了人心，消弭了南人对隋王朝的对立情绪。杨广之后能够继位为隋炀帝，并长期前往扬州巡游，应该与这一经历有密切的关系。
