林望杰1998年9月11日接任音乐总监的首场演出，安排全场勃拉姆斯作品，呼应外界对他的期待。林望杰推介不少美系指挥来到台湾，包括波士顿大众乐团音乐总监KeithLockhart、西雅图交响乐团音乐总监GerardSchwarz等，在音乐会的规划上更为活泼亲民，包括圣诞音乐会、电影中的古典名曲、圆舞曲之夜等，同时也介绍美国音乐家包括柯普兰、盖西文、伯恩斯坦等人的作品给台湾观众，公元2000年担纲第二届国际巨星音乐节（牛耳主办）的开幕音乐会，在林望杰指挥下，与大提琴名家马友友；钢琴名家弗莱雪、艾曼纽·艾克斯及台湾后裔黄海伦等同台演出，是当时台湾乐坛的重要盛会。
林望杰三年期满后，2001年遵循乐团遴选机制，34岁的台湾旅德青年指挥简文彬出线。当时台湾刚历经政党轮替，本土意识抬头，担任德国杜塞朵莱茵歌剧院驻院指挥的简文彬，是台湾之子，更被视为台湾之光。
简文彬与历任总监最大不同点，在于他不仅是一位指挥，更是一位真正的“音乐总监”。简文彬虽然年轻，但是初生之犊不畏虎，胆大心细创意十足，具有极强的擘画能力。他在位期间，历经2002年乐团改名台北爱乐乐团（NSO）、2005年终结黑机关成为两厅院附设团队等大事，虽然过程多所纷扰，最后皆能迎刃而解。他在位6年，可说是NSO创团后第一个黄金时代。
在简文彬的带领下，乐团透过贝多芬、马勒、肖斯塔科维奇、理查德·施特劳斯等交响乐系列的洗礼，不管演奏技巧、互动默契、音色塑造及音乐诠释，均有极大精进而达到一定高水平。在一连串的训练当中，乐团不但扎实累积曲目，也与来自各地的客席指挥合作，使得团员大开眼界、增广见闻。当时曾经客席NSO的世界级名家，包括马泽尔、巴夏等人。配合交响系列，简文彬进而规划相关出版品发行，提供乐迷阅读音乐的管道，也属NSO的创举。
在简文彬任内，歌剧系列是一大特色，NSO每乐季推出两部音乐会形式的歌剧制作，与赖声川、黎焕雄等剧场导演跨界合作，为乐团创造特色之余，借此引进歌剧制作的专业概念，同时让台湾优秀歌手有登台发声的机会。2006年NSO庆祝创团20周年，搬演瓦格纳联篇乐剧《尼布龙根指环》的创举，还登上德国交响乐团专业杂志《DasOrchester》的封面报导。2007年NSO与德国杜塞朵夫莱茵歌剧院在戏剧院跨国制作理查德·施特劳斯《玫瑰骑士》再下一城。
简文彬在乐季中推出的数个创新系列，获得外界好评。“年轻旅人”系列邀请海外华裔音乐家返回故乡献艺，“永远的童话”系列设计属于儿童的音乐会。每乐季委托两位岛内作曲家的创作，树立乐团鼓励本地创作的模式。
台北爱乐乐团的触角也从单纯的音乐会延伸至跨界领域，包括与云门舞集合作《竹梦》，与国光剧团合作新编京剧《快雪时晴》等。以乐团成员为主的室内乐系列，也在他的推动下逐步成型。加上新加坡、马来西亚、日本等海外演出，让乐团在亚洲渐受注目，把NSO士气推上新高峰。
2007年简文彬卸任后，应两厅院董事会邀请，担任2007—2008乐季首席客座指挥。2008—2009年，在音乐总监遴选未果的情况下，德国指挥赫比希获聘出任艺术顾问和首席客座指挥，任期两年。赫比希以指挥德奥作品闻名国际乐坛，透过布拉姆斯、马勒、布鲁克纳、贝多芬等曲目，率领NSO重温多年汲汲累积的曲目，给予不同的诠释观点，加深团员对作品的理解，保持乐团过往积累的能量。赫比希进一步针对特定曲目开设讲座并亲自担任解说，也展现巨匠与传承者的风范。
2010—2011乐季，旅德指挥名家吕绍嘉在乐迷引颈期盼下，接任NSO音乐总监，而且任期订为5年（之前音乐总监3年一聘），此一聘任合约的调整，使NSO更趋近国际乐团的运作模式。25年来，在历任总监和团员戮力下，此刻的NSO羽翼已丰，正准备展翅高飞，吕绍嘉一流的专业实力加上他所拥有的国际资源，成为引领NSO在国际舞台发光发热的不二人选。
吕绍嘉接任后的首次乐季，刚刚画下美丽的句点，2010年年底乐团赴广州参加广东亚洲艺术节，也获得两岸乐评人高度赞赏，岛内票房频频告捷，反应出乐迷的支持。NSO与吕绍嘉结合之后的艺术成就有目共睹，显示NSO的黄金时代已经来临。25年前联合实验乐团创立所承载的愿景，在吕绍嘉领军下，如今的NSO不但可无愧地睥睨亚洲乐坛，而且正以一流国际劲旅的姿态，向全世界彰显台湾虽小犹大的文化身影。
