到了1749年年底，巴赫的视力更差了，他先后两次接受江湖庸医的手术，但都遭到失败。他完全失明了，体质也随之下降，导致慢性肾炎的恶化。1750年7月18日，他的视力突然恢复，但几小时后便失去了知觉。10天之后的夜晚，巴赫平静地咽下了最后一口气。
《马太受难曲》手稿
《布兰登堡协奏曲》的题献页
巴赫之死在当时并未引起人们的重视，他在圣约翰教堂墓地的坟墓甚至都难以辨认。几乎没有人认为他留下的乐谱是珍贵无比的财富，许多竟被当作废纸卖掉了。他的名字在他死后的50年中无人提及，直到1789年的一天，莫扎特路过莱比锡参加圣托马斯学院的一个宗教庆典，当唱诗班演唱巴赫的经文歌《为主唱一首新歌》时，莫扎特又惊又喜，高声叫道：“我终于听到新鲜的东西啦！我终于学到东西啦！”1825年，当贝多芬第一次听到巴赫的音乐时，他不由得惊呼：“他的名字不是小溪，应该是大海！”1829年，门德尔松指挥演出了被忘却将近一个世纪的《马太受难曲》，此后，巴赫的音乐在创作、教育方面的意义日益受到人们的重视。1850年，当巴赫逝世100周年的时候，巴赫学会在莱比锡成立了，该学会开始进行《巴赫全集》的编辑和出版工作，到1947年增订重印的时候，它已达46卷之多，堪称音乐史上的一座丰碑。从1954年开始，新版《巴赫全集》的编辑工作又开始了，是由当今德国的巴赫研究中心——哥廷根的巴赫协会和莱比锡的巴赫档案馆共同承担的。在巴赫去世两个世纪之后，他终于站到了本属于他的位置，那就是音乐史上的最高峰。
巴赫的乐队作品主要是协奏曲和4首《乐队组曲》。巴赫在协奏曲的领域用尽了当时所有乐器手法中的一切可能的结合。他不仅写过为2架、3架和4架羽管键琴的协奏曲，还为小提琴、中提琴、大提琴、低音提琴、长笛、双簧管、小号等乐器写过不同数量组合的协奏曲。在这些协奏曲中，名气最大也最常被演奏的是后来被称为《布兰登堡协奏曲》的6首。它是巴赫最早的大型乐队作品，采用的是在当时看来已经过时的大协奏曲体裁，但却将其推向了最后的高峰。它们的特点是规模宏大、复调性的织体，独奏和伴奏两组乐器相互交响化关系的统一，每一首协奏曲的独奏部分由不同组合的乐器组来承担，个性鲜明，让人印象深刻。
1717年至1723年，巴赫在科滕的利奥波德亲王宫廷担任乐长期间，布兰登堡侯爵克里斯蒂安·路德维希委托巴赫为他的宫廷乐队创作几首作品。巴赫知道侯爵是一位音乐造诣很高的贵族，并且他的宫廷乐队水准也很高，于是巴赫为6组主奏乐器创作了6部协奏曲题献给布兰登堡侯爵，这是1721年的事情。
《布兰登堡协奏曲》代表了巴赫器乐创作最成熟期的成果，今天听来仍然比他同时代人的同类作品略胜一筹，特别是第三首和第五首简直一听难忘，脍炙人口。G大调第三首只有两个乐章，以弗里吉亚调式收束的两个和声作为两个乐章的桥梁，从而取代了通常的慢板乐章。这部协奏曲的主奏乐器就是弦乐器，而且乐队里也省掉了管乐器，很像是弦乐三部的重奏曲。D大调第五首的主奏乐器是小提琴和长笛，但给人印象最深刻的是第一乐章中羽管键琴显示辉煌技巧的大段华彩。
如果说《布兰登堡协奏曲》是德国与意大利风格交织的完美体现，那么4首《乐队组曲》就是德国民间不断发展形成的舞曲与华丽洗练的法国宫廷音乐的结合体。它含有巴赫最繁丽动人的旋律与色彩，每一首都以长大的法国序曲开始，后面依次缀有库朗特、加沃特、弗拉那、小步舞、布雷、巴斯比埃或萨拉班德、波洛乃兹、吉格等各个国家民族的舞曲形式。我们经常听到的“G弦上的咏叹调”便是第三组曲慢乐章的改编曲，还有一首著名的长笛练习曲，它也来自第二组曲的第7段“舞曲似的滑稽短曲”。
1850年，莱比锡为巴赫树立的第一座纪念碑
一般认为，巴赫晚年作品的特征之一是广泛运用了变奏的手法，而这种特征在《赋格的艺术》中达到了前所未有的高度。它的全曲就像一个庞大的变奏曲，包括各种简单的、二重的、三重的、逆行的、倒影的、增减时值的赋格以及各种卡农。在最后一首未完成的赋格中，巴赫采用了用他自己名字的字母B－A－C－H构成的主题，作为这首赋格曲的对题由次中音声部引入。埃曼纽尔在父亲的手稿上写道：“从这首赋格曲用BACH的名字作为对题的地方开始，作者便与世长辞了。”
