1717年是巴赫生命中的一个重要年份，他从这一年起不再正式担任管风琴师的职务，而把自己33年的余生转向了更为辉煌的作曲方面。同样在这一年，他遭受到一生中最大的屈辱，使魏玛成为他一生都不愿提起的伤心之地。从巴赫方面来说，他做的工作实际上就是乐长的工作，但却一直没能得到正式的任命。老乐长死后，他平庸的儿子接替了职务，这使巴赫感到不仅自己被忽视了，音乐的尊严也遭到了践踏。当离魏玛不远的安哈尔特－科滕的亲王利奥波德因慕名而任命巴赫为他的宫廷乐长时，巴赫毫不犹豫地向恩斯特大公提出辞职。在他的一再坚持下，大公一怒之下竟将他下到狱里监禁了一个月才批准他离职。
在科滕的6年是巴赫一生中比较幸福的时光。因为利奥波德亲王是一位大键琴家，他的宫廷乐队也很优秀，所以巴赫的工作不再涉及写教堂音乐，他的大部分世俗器乐曲就是在那时候写成的，其中最著名的是《平均律钢琴曲集》第一部、《法国组曲》、《无伴奏大提琴组曲》和《布兰登堡协奏曲》（当然此时还不是这个名字）。但是不幸在1720年降临了，他的妻子玛丽亚去世了。为了照顾4个年幼的孩子，巴赫第二年便与宫廷歌手安娜结了婚，他们又生了13个孩子，但只有6个存活了下来。
巴赫担任莱比锡圣托马斯教堂乐监的合约书
1722年，莱比锡圣托马斯学院的乐监库瑙去世了。这是一个令人向往的位置，尤其是巴赫觉得现在有必要重新回到有管风琴、唱诗班和容许表演这种音乐的教堂环境中去，所以他决定申请这个比他现有职位更低的差事。但当局此时中意的却是在当时名气比巴赫大的泰勒曼，而泰勒曼却因薪水的问题回绝了这番好意。在没有其他办法的情况下，巴赫只好被接受了。在当局的眼里，“既然最好的音乐家不肯来，我们不得不选择一个平庸的”。
巴赫在莱比锡的工作是繁忙劳累的，而且待遇并不高。他曾经多次和学院当局发生冲突，但都自我克制忍耐下去。他要负责四座教堂的音乐，并亲自指挥两座教堂的演出；他要为每个礼拜天和特别节日写一首康塔塔或清唱剧，一年写一首受难曲；此外他还负有艰巨的教学任务，并管理学生的生活起居，这是他最不愿意做的事情。
1722年的莱比锡圣托马斯教堂
圣托马斯教堂镶嵌在彩绘玻璃上的巴赫像
1747年巴赫去柏林觐见腓德烈大帝，并为他演奏管风琴
1747年，当巴赫63岁的时候，他迎来了一生最辉煌的时刻。当他与长子弗里德曼应邀出席腓德烈大帝的音乐会时，这位开明的君主正在调试他的长笛。他看到司仪递上的来宾名单，兴奋地对乐队人员说：“先生们，老巴赫已经到了！”他立即召见了巴赫，并中止了音乐会。他和乐队的演奏家们陪同巴赫巡视了各个房间，并听他在每个钢琴上都即兴演奏了一些曲子。第二天，巴赫又在波茨坦最大的管风琴上根据腓德烈指定的主题即兴创作了一首6声部赋格曲，引起了阵阵喝彩，甚至他的敌手也承认他有无可争议的卓越技巧。有一位叫沙伊贝的人说：“这是一位炉火纯青的乐器演奏能手，一位出类拔萃的大键琴、管风琴艺术家，世界上还没有一位音乐家能与他相媲美。我已多次聆听过他的演奏，他那灵巧娴熟的技巧使人为之惊叹，几乎难以想象他能够如此独特、如此敏捷地将双手和双脚这样交叉、分开，并能达到极其宽阔的音程而不混进一个错音。而且，即使这样剧烈地四肢摇动，他却毫不挪动他的身躯。”
从柏林回来之后，巴赫又以极其熟练的技巧发展了腓德烈赐给的主题，并特意增加了一首为长笛、小提琴和羽管键琴而作的三重奏鸣曲。他以《音乐的奉献》为题，将它用特别的纸张印刷了一册，连同一封信一起献给了大帝。
