亨德尔早年也以管风琴家闻名于世，二十几岁的时候在意大利与斯卡拉蒂比赛，曾使其甘拜下风。到了伦敦以后，他不再担任专职的管风琴师，但却喜欢即兴演奏以自娱娱人。因为没有创作的欲望，所以他没有一首独奏曲乐谱留下来。即使我们今天所见到的管风琴协奏曲的乐谱，它的管风琴声部也留有即兴发挥的空间，比如有的乐章完全没有记上音符，只是写着“自由处理”的字样。这是因为亨德尔的大部分管风琴协奏曲都是在演出他的清唱剧时，由他本人在开幕前和幕间休息时亲自演奏的。他为伴奏的乐队写好了谱子，而他自己为了取悦观众，渲染剧院里的气氛，常作技巧华丽的即兴表演。所以，虽然管风琴这件乐器很神圣，但到了亨德尔的手里，世俗节日的热闹气氛便被突出出来了。当乐谱出版的时候，他又特别注明 “为羽管键琴或管风琴用”，以使销售不受影响。
亨德尔的出生地哈雷市政厅
亨德尔共留下16首管风琴协奏曲，除4首未编号以外，其余12首分别编入“作品4”和“作品7”。从曲式上看，它们几乎都是模仿科莱里的结构，由慢－快－慢－快的4个乐章组成，只有作品4之6与作品7之6采用的是维瓦尔第式的3乐章。
比管风琴协奏曲更著名的是他的编号为作品6的12首大协奏曲。从这个作品中可以很明显地看出亨德尔音乐中怀旧因素和创新因素的结合，但主要以怀旧为主。他在外表上模仿科莱里的教堂奏鸣曲风格，而且在标题上特别强调是“小提琴外加7声部的大协奏曲”。但实际上，它的独奏部分并没有与乐队全奏分离。事实是在大多数的乐章中，主奏的弦乐器或是自始至终与协奏部同步演奏，或只在简短的三重奏形式的间奏中单独出现，如果有长段的小提琴独奏的话，那么它无论是在主题素材上还是在风格上通常都与全奏段落没有什么区别。从这方面来看，这部作品更像是管弦乐合奏曲，它表现了亨德尔与前人不同的地方。在对乐队声部的处理方面，亨德尔像一般的巴洛克作曲家一样，主要采用对位的方法，但不如同时代的巴赫那样工整复杂，而表现出一派自由简朴甚至和声化的倾向。他的赋格也不是严格而讲究结构的，只能算是一种准赋格，这并不表示亨德尔不擅长此道，而是他为了迁就音响效果所做出的牺牲。如果说巴赫的乐队作品具有的是结构性和立体感，那么亨德尔的“大协奏曲”则富于流动性和发展性，色彩更为灿烂夺目，情绪也更自由率直，充溢着蓬勃的生气。在这12首大协奏曲里，每首风格也各有不同，既有轻松的也有庄严的，但总的特征则属于17世纪末的意大利。
被编为作品3的7首大协奏曲最接近科莱里式的意大利风格，但是它又明显受到法国的影响，比如插入了小步舞曲和其他舞曲。由于双簧管声部在配器中有较突出的表现，因此在它初演的听众当中就有“双簧管协奏曲”的印象。不过从乐谱的结构分析，亨德尔仍不是很注重主奏乐器群的存在，它们的活动大部分都属于插句性质，而且在作曲家的眼里，主奏乐器是小提琴而非双簧管，因为重要的主题都是由前者来呈示的。
伦敦西敏寺教堂中的亨德尔墓碑
1749年的焰火表演
《水上音乐》和《焰火音乐》也许在音乐史上的地位不如亨德尔的协奏曲高，但它们却是今天最为人所知的亨德尔作品。它们都以欢快活泼的舞曲为主，富于生活气息。乐队编制突出了铜管与定音鼓的分量，是为露天演出设计的。
1748年10月，英国参与的奥地利王位争夺战结束后，于第二年春天签订了著名的《亚琛条约》。为庆祝条约的签订，英国王室于4月27日在伦敦的格林公园举行盛大焰火晚会庆功。亨德尔受命谱写庆典音乐，于燃放焰火时在上万人面前演奏。据说当时参加首演的乐队有一百多人，以管乐器为主，没有使用弦乐器，具体编制是9支小号、9支圆号、24支双簧管、12支大管、1支低音大管以及定音鼓和大鼓。后来亨德尔补写了弦乐器部分，使庄严华丽的音响效果更加突出，成为今天交响音乐会上的保留曲目。
前面提到，关于《水上音乐》有一个流传甚广的故事，不过今天已经有非常明确的证据证明此故事属于子虚乌有。尽管如此，这部尽显亨德尔管弦乐创作才华的大型作品从它诞生那天起，就赢得上自王公贵族、下至普通民众的由衷喜爱。由于原始手稿已经丢失，流传到现在的都是整理校订的版本，主要有3种：组曲6乐章版、全曲20乐章版和3套组曲16乐章版。对于今天的听众来说，好听是第一重要的，乐谱的文献价值倒在其次了，这是他们比音乐史家更看重《水上音乐》的原因。
