莫扎特没有用连续的数字来标明他的作品，一直到1862年，德国人科凯尔在对莫扎特的全部作品作了仔细的分析研究之后，才为它们按时间顺序编了号，通常用“K”或“K?chel”来表示。根据这个方法，目前确认可信的莫扎特作品由K.1的钢琴小步舞曲（1762）到K.626的《安魂曲》（1791），共计600余部。
在器乐创作领域，莫扎特和海顿的旋律风格存在着一定的差异，如果单纯考虑器乐形式的发展，那么海顿的影响相对比较深远。器乐和声技巧对于海顿创作奏鸣曲至关重要，然而莫扎特对此没有什么兴趣。海顿的音乐旋律往往具有一种鲜明的主题风格，动机的处理比较灵活。莫扎特则具有一种歌曲创作的天赋，他把过去时代伟大声乐艺术中的抒情性编进他精美的器乐形式中，正像瓦格纳所说：“是莫扎特教会了乐器的歌唱。”
莫扎特的交响乐作品，包括近50首交响曲、近30首钢琴协奏曲、5首小提琴协奏曲、其他乐器协奏曲近10首以及大量的小夜曲、嬉游曲、进行曲、组曲等。
莫扎特的交响曲列入作品编号的是41首，最早一首作于1764年，最后一首完成于1788年，其中有超过30首交响曲完成于18岁之前，除了乐思发乎自然，曲调乐天流畅之外，倒并没有胜出海顿多少。然而，当莫扎特在人生的最后10年定居维也纳之后，他却石破天惊地创作出最后6首堪称不朽的交响曲，它们分别是D大调第35“哈夫纳”、C大调第36“林茨”、D大调第38“布拉格”、降E大调第39、G小调第40、C大调第41“朱庇特”。
莫扎特在萨尔茨堡谷物巷的出生故居
“哈夫纳”交响曲的前身是一首“小夜曲”，系应萨尔茨堡市长齐格蒙德·哈夫纳之邀，为他的儿子在获颁爵位典礼而作。6年前，莫扎特曾为哈夫纳的女儿伊丽莎白出嫁谱写一首小夜曲，亦名为“哈夫纳”，如今他把第二个“哈夫纳”稍加改编，从6个乐章删减为4个乐章，配器上增加了单簧管和长笛，以使原本欢畅灵动的乐曲内容变得更加厚实，华丽感有增无减。在第四乐章的总谱上，莫扎特特别标出“尽可能快速演奏”字样，以使这个急板写成的段落听起来更如快马疾驰，一气呵成。由于此时莫扎特正在创作歌剧《后宫诱逃》，故听众甚至可以听到剧中奥斯明所唱的抒情曲调。
“林茨”交响曲显然与多瑙河畔的城市林茨有关。1783年，莫扎特在从萨尔茨堡返回维也纳途中，顺便在林茨举办音乐会，他仅用4天时间便完成了一部交响曲，可谓才思泉涌，热情充沛。这是一部始终洋溢着蓬勃的朝气和清新气息的明朗颂歌，是莫扎特处于人生最幸福时刻的真实记录，新婚燕尔的他自以为享受到爱的滋润，他把这种甜蜜而微妙的情感通过缓慢的柔板序奏以及类似于海顿风格的从容行板表现出来，同时以铜管和定音鼓的明亮效果刻画了田园乡野的民风旨趣。这是一部莫扎特和海顿风格互为表里的作品，是研究古典乐派交响曲风格嬗变的极佳范例。
歌剧《费加罗的婚礼》和《唐·乔瓦尼》的成功堪称莫扎特人生的顶点，之后他的人生逐渐陷入崩溃的旋涡。不仅仅是经济方面的窘迫，他在道德方面也出了问题，酗酒、风流、挥霍无度，还有因年俸急剧减少而带来的自尊心的伤害。总之，到了1788年夏天，莫扎特的悲惨生活更是雪上加霜——他6个月大的女儿突然夭折，这更是直接影响到他与妻子康丝丹采的关系。然而正是在这种悲惨的境遇中，他却写出了他最优秀也是最受欢迎的最后3首交响曲。12个乐章中的任何一个乐章都完全需要用莫扎特谱写所有这些乐章的时间才能完成，但莫扎特手不停笔、一气呵成地同时在6个星期里完成了，而且在主题材料和气质情绪上都大不相同，尽显莫扎特非凡的天才。这3首贝多芬之前最伟大也最受欢迎的交响曲的诞生，是否已经预示了作曲家生命的短促、时不我待的紧迫感呢？
令人难以置信的是，身处如此悲惨境地的莫扎特，首先写出的竟然是有史以来在情绪上最热情欢快的交响曲。降E大调第39交响曲由缓慢而庄严的前奏开始，接踵而来的是可爱旋律的溪流，这是象征着人类温暖而从容的溪流，它静静地被阳光洒满，呈现出心灵明朗和谐的意境，这是多么令人感动唏嘘的瞬间啊！似乎是意犹未尽，在优美而浪漫的第一乐章之后，行板乐章在情绪上更加安静平和，于沉思中略显克制，一直到中间部分才显出一丝激动；第三乐章的小步舞曲，是古典小步舞曲的典范，庄严尊贵，有着安宁的气息，其中木管吹出的三声中部是一首迷人的田园诗，单簧管以典雅而摇曳的短句与之呼应；终曲是单主题奏鸣曲式，一个旋律音型，一方面是第一主题，另一方面也是第二主题的对位。笔调虽然近似海顿——机智的嘲弄、生动的幽默和高昂的兴致，但在发展中深情婉转、诗意盎然。当我们被充满自信而兴高采烈的情绪所深深感染的时候，难道不会去联想到正在写作这些音符的莫扎特此时正处于人生中最委屈绝望、最穷困潦倒的境地吗？从这个意义上考虑，我们怎能在聆听一首交响曲的时候不了解创作的背景呢？
G小调第40交响曲是一曲凄婉的悲歌，诉说着命运的无情，在情绪上它是莫扎特器乐作品中最激动不安的。第一乐章简短下行的旋律，伴着悸动的伴奏，暗示着一种困扰的焦虑。安静的第二乐章与忧伤的第一乐章形成对比，这种抒情的曲调也经过半音的扭曲，听来还是一种忧伤的感觉。第三乐章仍是传统的小步舞曲，强烈的情感受到节制，但在快速的终乐章终于变成狂野甚至粗鲁的表现。整个乐章带着永不休止的愤怒，意想不到的音突然爆发，调性突然改变，音色幽暗，悲剧的气氛越来越浓，最后结束在固执而近乎绝望重复着的阴暗基调G小调上。
弥留之际的莫扎特
1759年的维也纳新市场，莫扎特曾在右边的建筑里首演小G调第40交响曲
莫扎特也许生前并没有听到他的C大调第41交响曲，因为我们没有见到任何关于演出的记录，如果是这样，那该是多么遗憾的事情。这首被一位后来的仰慕者称为“朱庇特”的交响曲，有着后来贝多芬特有的史诗气概。它与前面两首形成非常强烈的对比，表现的是一个率直而乐观的莫扎特——不让步也不悲观，只求在音乐中表现欢乐，仅从聆听的角度，我们可以把莫扎特想象成是这个世界上最快乐最幸福的人。在旧形式与新形式的交替混用中，悦耳的旋律一个接一个，令人美不胜收。它的最后乐章是莫扎特最绝妙的成就之一。结尾4个不同的旋律片断前面都分别出现过，但在这里又组成一个精致的复调音乐的乐章，这是莫扎特交响曲中少有的对位法。活泼的情绪与光彩的音色在此达到一个最高峰，一切都出自天然，丝毫不见人工的痕迹。
