施闰章的评论并不错，方以智确实是基于《周易》，以“易理通乎佛氏，又通乎老庄”。此“易理”不是类于邵蔡的象数学，而是“一阴一阳之谓道，继之者善也，成之者性也”与“《易》无思也，无为也，寂然不动。感而遂通天下之故，非天下之至神，其孰能与于此。夫《易》，圣人之所以极深而研几也”等等。不仅方以智言此“易理”，宋明理学家（尤其是心学一派）皆言之。方以智言“象数”是“天地之象数”，是藉数明理。他作“∴”等图，是“不得已而状之图之”，是为了揭明“太极非阴阳，而阴阳即太极”之体用圆融的道理。余飏认为方以智是“烹饪万世，炮制百王”，另有时人称其为医治百家之病的“医王”[13]，此论亦不为过，只是没有指出方以智的药方。医生烹药开方，必有目的，不是盲目下药，方以智“炮制百王”亦是如此，而他们并没有指明其“炮制百王”的真正目的与意图。如本著所论，方以智医治时下“矜高傲卑”、“畏难实学”、“各食其教而门庭重”[14]等病之药方，主要是《周易》，亦包括《论语》、《中庸》与《孟子》等。至于其著之庄语，正如他所言：“《六经》正告也。《庄子》，奇兵也。惟统正奇，乃能知之，乃善用之。或谓《庄子》别行于《六经》之外，余谓《庄》实辅《六经》而后行。使天下无《六经》，则庄子不作此书，作《六经》矣。……予读庄子，乃深知为儒宗别传。”[15]可见，《庄子》仅是方以智借以用遮诠方式阐明儒家义理的手段，申庄非其真正目的。
王船山将方以智的思想置于中国古代思想发展的大潮中进行考量，并以之为“修邹、聂诸先生之遗绪”之论，对于方以智而言，具有非凡的意义，因为王船山不是以方以智之“迹”[16]来定其学术归宗，尤其强调与“若邵康节、蔡西山则立一理以穷物”，不是一类。船山此论深契侯外庐之怀，他在《中国思想通史》相关内容中再三称引之。当侯先生引用“智每因邵、蔡为嚆矢”一语时，特别加上“此一句为王夫之所否定”[17]的“按语”，以提醒学者注意。他认为方以智“杰出的理论并不是明白如画地联结成一个环链，而是通过他的烹炮古代语言的隐晦形式，特别是《易经》的象数学的形式，而断续地透露出来的。……他所究明的伏羲、黄帝、周公、孔子的圣训，显然是一种托古改制式的东西，甚至他所称颂的《易传》思想和邵雍的象数思想，不但和他的思想不一样，而且毋宁说是相违异，这已经被王夫之指出。”[18]冒怀辛先生亦认为“方密之的理论是以邵雍为标榜，披上《河图》、《洛书》的外衣的”[19]。
王船山对方以智学术思想的定位还有另一个重要的意义，这就是以更精准的说法，即“其谈说，借庄、释而欲檠之以正”，代替“烹饪”、“三教”、“百家”、“医王”等模糊言辞。如果依照“烹饪三教”之说，方以智最多只是一位“坐集千古之智”与“折衷百家”者。单从自然科学层面来说，“坐集千古之智”可以从理论上讲得通，但从哲学思想层面讲，“烹三炮五吞一味”就成问题。不要说炮制“三教”、“百家”，就是把理学家烹煮成“一味”，亦不可行。他总有炮制的目的与方向，这个方向就是其学术归旨，或曰门户。余英时先生说“密之于思想不喜立门户”[20]，此言只是泥于方氏之“言迹”。方以智反对“各食其教而门庭重”[21]，又曰“打翻三谛”，但是，只要你在哲学方面有所言、有所立，定有为学旨趣。方以智言“心即是天”，是仁，是神，是“於穆不已”者，不是“迹”，这才是他的学问“顶门处”。此与朱子“性犹太极也，心犹阴阳也”[22]的讲法，就是不同。方以智说：“文、礼俱是从中发出，花、叶皆本。”[23]这种自做主宰的道德原则，自与朱子的他律原则有别，与荀子、法家相较，更是南北矣。方以智用朱子的“所以”、道家的“无”、佛学“般若”、“空”等来论说孟子的“良知”和孔子的“仁”，这就是“炮制”。但是，仅以“炮制”喻方以智之学，是不够的。一锅杂粥也是“炮制”，方以智的思想不是各家思想的杂乱堆积，船山说他“借庄、释而欲檠之以正”，就指明了炮制之目的与方向。但王船山以为方以智“修邹、聂诸先生之遗绪”的讲法，有是亦有非。其是就表现在他认清了方以智之学属于“即心即性”[24]的阳明学一系而不是朱子学这个大方向。其说之非则体现在船山并没有将邹、聂之异区分开来，导致密之是“修邹、聂诸先生之遗绪”的笼统之说。按方以智“外皆是内”、“全树全仁”之义理，其思想更合王龙溪的“见在良知”论，而聂、罗的“归寂”[25]论则往往成为他批驳的对象。
如果破除文字执，上述各种观点是可以获得统一的。他说：“易以数为端几，而定于环轮。……犹之会通易几者，无往非河洛。”[26]可见，方以智极重《易》“数”，然此“数”（包括体数与用数）与象数学之“数”不同，本书第一章的相关内容已经阐明；如果从万物繁荣处体会到於穆不已之易几，则“河洛”即是天地万物与人事，这就是他“言河洛之数，另出外意”之“外意”。在明末清初中西文化激烈冲撞和宋明理学日渐式微的历史条件下，方以智以《易》整合百家，大力发扬体用不二、明心见性的儒家哲学精髓，并由此发展出“道寓于艺”的全新道器观，极力使济民利生之实学（包括泰西“质测”之学）在儒家道德形上学体系中获得积极存在，这才是尽其性之大业，是其哲学的真正意义与价值所在。如果能够从“肤粟、足拇有掐之不觉者，谓之不仁。诊知此一法身圆溢周洽，则九十九万毛窍皆太极也”、“太极非阴阳，而阴阳即太极”等方著有关体用相即、“继善成性”、“自强不歇”的哲学论述，以及“通”、“藏”、“几”、“太极”等哲学范畴的意蕴中，悟出方以智所论乃是以《易》为本，亦真得其思想之肯綮也。
