关于方以智的思想归宗，他本人的说法显然是重要的参考标准。然其说不一，总结起来大致可归为两种：第一，就是“烹三炮五吞一味”、“万法惟易足统之”的百家（或三教）归《易》论；第二，就是“提心宗而百家之理皆归一”之说。以上说法都含“坐集千古之智”与“鞭笞百家”之意，区别就在于对《易》的认识与理解，如果以“太极”为仁心，立体致用，藉《易》阐发体用不二的原则，则亦契于阳明心学；如果是“因邵、蔡为嚆矢，征河、洛之通符”之《易》，其学旨就不同于心学。所以，我们依他本人所言，将其学思所宗归于以上两种的做法，应该不算错。
第一种说法，即“三教归易”，可以说是他一生最大的愿望，这也是他反复强调的一种学术旨趣。入佛前，他在《又寄尔公书》中说：“以五年毕词赋之壇拈，以十年建功于朝，再以十五年穷经论史，考究古今，年五十则专心学《易》。少所受王虚舟先生河洛象数，当推明之，以终天年，人生足矣。”[1]早年，他在《物理小识·总论》中亦云：“智每因邵、蔡为嚆矢，征河、洛之通符。”[2]及披缁为僧之后，他在《东西均》中提出欲以“全均”统“众均”，其统之根基亦是《易》。《象环寤记》云：“吾故望有知其全者以疗教，则必集大成以为主，非可平分也。溯其原同，则归于《易》耳。”[3]诸如此类的话，在其诗文杂记中还有很多。相对而言，第二种归宗于心的说法，却很少见。据笔者所及，仅在《东西均·象数》中出现过一次，他说：“提心宗而百家之理皆归一矣。执心与理之二名相确，而不知可一、可二、可万者，此镌其方便之药语，而不肯参伍天地人之象数也。”[4]并且，就在此一语中亦有“象数”在其间。除此之外，他还斥责陆象山“六经注我”的心学思想，他说：“象山、慈湖当证心于象数，注我自得矣，独不念六经贱而私心横耶？”[5]可见，与“归《易》”说相较，单从字面上来看，“归心”之说显得微不足道，所以，此说遂完全被后人忽视。
再谈谈方以智亲友对他思想所宗的看法。按照他们对《易》的理解，大致可分为三种情况：其一，“征之于河、洛”论。其子方中通说：“老父穷一切，而一征之于河、洛。”[6]又曰：“自先明善而下，五世学易矣。”[7]此“五世”自然包括方学渐的《易蠡》、方大镇的《易意》以及方孔炤的《周易时论》。对于方以智而言，还应该有王虚舟先生的河洛象数。第二，以“易理通乎佛氏，又通乎老庄”的“易理”论。施闰章并不许之以“河洛”，他说：“师少闻其好之，至是研求，遂废眠食，忘死生，以为易理通乎佛氏，又通乎老庄。每语人曰，教无所谓三也，一而三，三而一者也。”[8]黄宗羲亦称其“言河洛之数，另出外意”[9]。此派特点是：他们不以“河洛”定位方以智的思想，但却未指明方以智的“易理”或“河洛外意”为何？更有称“其旨难知”[10]或“烹饪万世，炮制百王”[11]者。第三，以王船山为代表，认为方氏乃“修邹、聂诸先生之遗绪”，并以此区别邵蔡之易，他说：“乃披缁以后，密翁虽住青原，而所延接者类皆清孤不屈之人士，且兴复书院，修邹、聂诸先生之遗绪，门无兜鍪之客。其谈说，借庄、释而欲檠之以正。又不屑遣徒众四出觅资财。……密翁与其公子为‘质测’之学，诚学思兼致之实功，盖格物者即物以穷理，惟‘质测’为得之。若邵康节、蔡西山则立一理以穷物，非格物也。”[12]
