在上述认为方以智的宇宙观为唯物主义的学者中，很多都指出了方以智晚期思想的变化，就连一直认为方以智是彻底的唯物主义的侯外庐先生亦改变了以前的看法，虽然侯先生没有留下关于这方面论述的文章，但从他与冒怀辛先生的交谈中可以看出这一点，冒先生说：“七九年来京后，与侯老谈话时，他提出方以智晚年为僧后，有客观唯心主义倾向。我随后在京、皖、沪一再向人们言及，认为这是学者的实事求是态度，勇于改变自己观点，以求符合实际。”[16]张岱年先生亦认为“《物理小识》中个别观点虽然明显地可以看到唯心主义的影响，但其基本思想是气一元论的唯物主义。明亡以后，方以智拒不事清，削发出家，他的后期更多地受到了佛教的影响，在哲学上也由唯物主义转向唯心主义。在他的后期著作《东西均》中我们可以清楚地看到这一转变”[17]。张学智教授亦持同样的主张，他说：“在早期思想中，方以智以气为物质实体，而在中晚期特别是出家之后吸纳了其他思想，从宇宙终极处表述他对万物的看法时，他又以太极为宇宙的本体。”[18]蒋国保教授更是依方以智一生宇宙观的发展变化，将其分为三个时期：“方以智早期的哲学观点可以概括为‘气一元论’。……方以智中期的哲学思想明显具有‘心物二元论’的倾向。……方以智晚期的哲学思想，我们称之为‘太极一元论’。”[19]椐冒怀辛先生所闻见，持这种观点的人十分普遍，他“在审阅一些外校优秀研究生论文，以及偶见京、皖两地学者的论文和专著中，无不认为方以智早年有明显的唯物主义思想和超出前人的朴素辩证法思想，而晚年则受佛教思想影响，具有客观唯心主义”[20]。但冒先生本人则持不同的说法，他对“所谓客观唯心主义的分析感到怀疑，认为自己也曾作过的这一论证和判断未免只停留在表面，未能深入”[21]，并认为“把晚年思想与早年的学术成就截然分开是与实际不符的”[22]。
在众多探讨方以智宇宙观的学者中，也有少数人一贯坚持方以智属于唯心主义者，其中马数鸣先生最为典型。他认为：“那些认定方以智是唯物主义者的，主要依据方以智的如下这些话：‘天恒动，人生亦恒动，皆火之为也。’‘盈天地间皆物也。’‘一切物皆气所为也，空皆气所实也。’”但是，“如果我们的思想不是停留在方以智所说的火、物、气等字面上，而是透过这些字面联系这些话的上下文来看，那么就可以看出，方以智不是一个唯物主义者，相反，而是一个唯心主义者”[23]。马先生穿透字面，根据上下文分析得出“首先，方以智所阐述的火，是派生的。……其次，方以智所说的物与我们所理解的物质有本质的不同。……再次，方以智阐述的气是‘所以’这种东西生的，是第二性的”[24]的结论。故马先生视方以智各期的哲学思想皆属唯心主义体系，称其“写《通雅》，写《物理小识》，标榜所谓‘质测’、‘通几’之学，这与程朱理学高喊伦理道德即方以智称之为宰理的不大一样，但是他早期的哲学体系却和程朱是一路货”[25]，并认为“方以智后期的哲学思想是程朱理学加老佛，是程朱老佛的杂拌和糅合”，且各附例以明之，但马先生的意见却遭到许多学者直接或间接的反驳[26]。
（二）关于方以智的认识论
