[31] 陈寅恪说：“方钱二人皆明室遗臣托迹方外者，此时俱在金陵，颇疑与郑延平率舟师攻南都之计划不能无关。”（见氏著《柳如是别传》，上海，上海古籍出版社，1980，第251页。）余英时先生亦同意此观点，并认为“密之之复明活动常居幕后为暗地之策划”。[见氏著《方以智晚节考》（增订版），北京，生活·读书·新知三联书店，2004，第199页。]
[32] 《灵前告哀文》，《浮山文集后编》，载《清史资料》（第六辑），第27页。
[33] 施闰章：《无可大师六十序》，见《施愚山集》卷九，合肥，黄山书社，1992，第166页。
[34] 钱穆：《余君英时方密之晚节考序》，见余英时：《方以智晚节考》（增订版）。
[35] 《寄朱震青相公书》，《岭外稿》（中），见《浮山文集前编》卷八。
[36] 谢仁真：《方以智由儒入佛之检视》，第161～162页。
[37] 这三个原因是：“有由于清兵之所迫而不得已者，有思想建构之所可容者，亦有其学术生命与价值抉择之所向者。”（见谢仁真：《方以智由儒入佛之检视》，第160页。）
[38] [德]H.李凯尔特：《文化科学和自然科学》，北京，商务印书馆，1986，第72～73页。
[39] 方学渐：《心学宗》，见《明经方本庵先生学渐》，《泰州学案四》，《明儒学案》卷三十五，第840页。
[40] 《易余·一有无》。
[41] 《论虚谈大道，不讲实务之病》，见《曼寓草》中，《浮山文集前编》卷五。
[42] 《易余·太极不落有无》。
[43] 《四书章句集注》，北京，中华书局，1983，第33页。
[44] 《横渠易说》，《张载集》，第233页。
[45] 同上书，第233～234页。
[46] 庞朴注释：《东西均·全偏》，第150～151页。
[47] 《易余·三冒五衍》。
[48] 《药地炮庄》卷之四，载《四库全书存目丛书》（子257），第306页。又见张永义、邢益海校点，《药地炮庄》卷四，第274～275页。
[49] 庞朴注释：《东西均·道艺》，第174页。
[50] 庞朴注释：《东西均·玆燚黈》，第290页。
[51] 庞朴注释：《东西均·道艺》，第177页。
[52] 实叉难陀译：《大方广佛华严经》卷36，见《大正藏》第10册，第192页。
[53] 庞朴注释：《东西均·容遁》，第242页。
[54] 庞朴注释：《东西均·张驰》，第199页。
[55] 方以智说：“孔子独于亢龙称两圣人，而子思举遁世以赞圣者之能，正唤醒人于体处见用，而后知全用是体也。”[见《一贯问答·问一贯》，载《儒林》（第一辑），第268页。]
[56] 庞朴注释：《东西均·所以》，第222页。
[57] 《一贯问答·问克己》，载《儒林》（第一辑），第265页。
[58] 同上书，第280页。
[59] 《一贯问答·问仁智》，载《儒林》（第一辑），第275页。
[60] 钱澄之说：“今道人既出世矣，然犹不肯废书，独其所著好作禅语。”（《通雅·序》）
