在第一章方以智天道观的第二节的第三部分，笔者详细地分析了“举一明三”的两种不同的涵义：其一，方以智以此进一步突显了“一在二中”、“一多相即”的体用圆融论；其二，“举一明三”有不同于理学家们所谓的“体用一源，显微无间”之义。“举一明三”之所以是一种体用圆融义，这是因为“举一明三，即是两端用中”之“两端”是指内外、道器或体用，“举一明三”之“三”实际上只有道器之“两端”；用“圆∴三点”来说，“上一点”是超越的道体（太极）、心体（公心），“下二点”是器、象（只因“象无不对”，故以“下二点”表气或器）。但是，方以智并不是在所有的语脉环境下，皆以“举一明三”来显明“两端用中”。这种情况突出地表现在他以“从而三之”的思维模式，推阐出“太极不落有无”和“中天即在先后天中”之说。
我们要注意区分两种内涵不同的“一”。其一，表示体用圆融义的“举一明三”之“一”是指体用融融，紧吸为一体。此“一”就是方以智所谓的“直下之天地”，其曾祖父方学渐所说的“善事心者，日用事物皆心也”[39]之“日用事物”，亦即禅家“挑水砍柴，无非妙道”之“挑水砍柴”。于此意，“三”是指“上一点”之道体和“下二点”所指代的“象无不对”之“象”（或器）。其二，“一在二中”或“一多相即”之“一”是“体数”，而“二”是“用数”，此义在第一章已述明。如此，则“一在二中”或“一多相即”中没有明确赅摄体用的“直下之天地”之数，而“举一明三”之“一”正是此意。“一在二中”毕竟存在着“一”（仁心）与“二”（用）分离的可能性，方以智之所以要突显“举一明三”之“一”，就是反对离器言道的不务实安生者，他以“全树全仁”为喻说：
种其核，灌其根，护其枝干，而全树全仁之无分别在其中矣。世知根为本，枝为末耳，不知东君视之，枝本也，根亦本也。核之仁乃本也，芽出仁烂而枝叶皆仁，则全树皆本也。矜高者，闻此全末全本之说，喜匿于恢谲濛鸿，偏而执之，则忌讳分别名实之昭苏比比然矣。不知既明全本之仁，统全本之树，又何妨令天下人知根本而枝末乎？……所以然者，贵知无即有之仁，便信有即无之树。信此有即无之树，当信种之、灌之、护之，乃所以善用其有即无之生者也。不栽培其生以使民安生，而徒以生即无生，雄其簧巧，夺五民之常膳，以供挂树之神钱乎？[40]
