方以智晚年罹遭“粤案”，在当时严酷的政治环境下，时人“咋舌摇手，如疫疠猛火不敢近”[1]，有清一代学者多避而不称其说，其学亦不能流传于后。从《明儒学案》一直到《汉学师承记》、《宋学渊源录》以及《清学案小识》、《清儒学案》，都没有他的名字。当然，方以智的哲学著作不得其传，与其“卮之、寓之，支离连犿”[2]的用语，亦存在直接的关系。特别是在中年以后，方以智著书好禅语、庄言，且会通《易》之旨，读者多不解。方中通哀述其父方以智曰：“异类中行，原非获己。行者固难，知者亦不易。”[3]不仅如此，其著还多立寓言、巧说，难辨虚实，友人张自烈说：“余自信知宓山者，卒亦未能尽知，以其寓而不有也。”[4]诸多原因终致方以智的思想及著作在其死后的三百多年时间内长期湮没不显。经侯外庐、李学勤先生的努力，《东西均》于1962年得以行世，方以智的哲学思想也同时受到了学界的广泛关注。余英时先生曾简要地概括了三百多年来学术界对方以智思想发掘的发展过程，他说：“密之著述等身，其传世者以《通雅》五十二卷、《物理小识》十二卷、《药地炮庄》九卷为最有名。其中《通雅》一书尤为学者所称道，四库馆臣至谓其开顾炎武、阎若璩、朱彝尊辈考证之先河。近五十年来，西学大盛于中土，密之因与明末耶稣会传教士极有渊源，故其著作中涉及自然科学与音韵学之部分复备受世人之重视。自1962年密之遗稿《东西均》行世，世之治密之之学者又转其注意力于密之之哲学思想焉。”[5]
