总之，纵观战略管理理论发展的历程，以资源学派和能力学派为代表的对企业内部要素进行研究的理论起了十分重要的作用，逐渐打开了被新古典经济学称之为“黑箱”的企业的真实面目，使人们了解了为什么在同样的市场环境和产业结构下，有的企业具备长久的战略强势和竞争优势，而有的企业却难以为继的原因。但是，随着时间的推移，资源学派和能力学派也被学者不断质疑（Leonard-Barton,1992;Teeceetal.，1994，1997，2007）。
对于资源学派来讲，首先，资源概念的确定很模糊，未形成统一的企业资源概念。一般来讲，企业的主要资源有人力资源、财务资源、自然资源、管理资源、技术资源，但这并未在学术界取得完全一致的认同，资源概念内涵的界定困难给企业战略的制定带来难以逾越的困难。其次，由于技术发展、经济全球化和信息化，资源不再具有资源学派所主张的稀缺性、难得性、难模仿性和难以替代性，在同一市场体系下的资源越来越多的具有同质性。再次，资源学派强调企业内在成长和对企业内部资源的积累和运用，以此来形成和创造战略优势，但对企业如何适应外部环境的变化，尤其是技术的动态性和难以确定的技术环境考虑不足，有些单一。最致命的是，资源学派对于企业长期竞争优势源泉的解释，并没有给出可行的用以识别、培育、维护资源的方法，更没有提出切实可行的对资源的积累和使用进行有效管理的操作性途径或思路。
能力学派认为能力是企业拥有的关键技能和隐性知识，是企业拥有的一种智力资本，它是企业决策和创新的源泉，但学者们逐渐发现企业能力的调整极大地受制于企业原有的互补性资产。互补性资产是企业的专用性资产，是企业在建立已有能力时做出的不可还原性投资，仅与特定的产品、技术或经营方式联系时才具有价值。能力的调整既可能提高也可能毁掉互补性资产的价值。能力的调整如果损害互补性资产的价值，则会提高沉没成本效应，从而减少了企业采纳变革的可能性。而企业员工对专用人力资本的投资，在能力调整中面临着重大的道德风险，道德风险降低了企业员工做出新的、专用性投资的愿望，从而也降低了企业能力调整的可能性。同时，自Prahalad和Hamel（1990）的《企业核心能力》一文发表以来，能力理论的分支——核心能力（CoreCompetence）理论得到了重视和快速的发展。但随着研究的深入，核心能力的局限性突显出来。
