气候变化造成恐龙灭绝的原因还可能是影响了恐龙蛋的发育。一些科学家认为，在恐龙灭绝之前的白垩纪末期，恐龙蛋的蛋壳有变薄的趋势，有一些蛋壳薄得不到1毫米，尤其是晚白垩世晚期薄壳蛋更是多见。这样的薄壳蛋在孵化过程中容易感染病菌，也容易因为种种外因而破裂，使恐龙的后代数量减少。
除了蛋壳变薄，科学家还发现恐龙蛋的构造也出现了异常。他们通过对恐龙蛋化石的CT扫描发现，越接近灭绝时期，恐龙蛋里的气室越小，有的甚至观察不到气室。气室小，就不能提供胚胎孵化所需的氧气。没有气室，说明这些蛋产下不久就停止了孵化过程。科学家推测，应该是由于气候变冷而导致恐龙的摄食活动和身体结构出现了变化，最终导致恐龙蛋的构造出现了上述异常。
由于恐龙蛋的孵化不是依靠母亲的体温，而是由母亲选择一个适宜的地方产卵，靠外界环境的温度使卵孵化，在这种情况下，本来孵化的风险就非常高，如果卵的品质出现了问题，孵化成功的概率就会进一步降低。
此外，由于恐龙蛋的孵化要依靠环境提供适宜的温度，所以地球气温降低也使得恐龙蛋的孵化变得困难起来。即使恐龙蛋的品质没有出现问题，环境中没有了适宜的温度，孵化率也会降低。
所有上述现象均表明，晚白垩世晚期的气候变化最终造成了恐龙繁殖受挫。所以有科学家认为，繁殖受挫很可能是恐龙灭绝的根本原因。而另一些类群，如新兴的哺乳类和鸟类由于具有高而恒定的体温，对环境的依赖性大大降低，逐渐繁盛起来。
彗星撞击论
这个关于恐龙灭绝原因的假说认为，造成白垩纪末期恐龙大灭绝的凶手不是小行星而是彗星。一些科学家认为，太阳有一颗围绕着它旋转的伴星，每隔2600万年到3000万年，这颗伴星就会转到离某些大型的彗星很近的位置。这些巨大的彗星受到这颗伴星引力的干扰就会在太阳系内产生几万次的彗星风暴，其中的一些彗星风暴袭击了地球。因此，地球每隔2600万年到3000万年就会遭到一次洗劫，地球上的生物也就每隔2600万年到3000万年发生一次大的灭绝事件，恐龙的灭绝不过是这种周期性灭绝中的一次而已。
免疫缺陷
由于恐龙这样的爬行动物没有像哺乳类和鸟类那样完善的免疫系统，在气温变化剧烈、自身抵抗力下降的情况下，各种疾病也就纷至沓来，使它们纷纷病饿而死。
虽然目前人们对恐龙的免疫系统的认识还处于推测阶段，但是通过比较解剖学的方法，我们可以发现一些证据。龟、蜥蜴等现代动物体内没有完善的淋巴管道，也没有淋巴结，仅有的胸腺这一免疫器官也发育得不好，一般没有皮质和髓质的明显分化。据此推测，与龟、蜥蜴共同属于爬行类的恐龙的免疫系统也很不完善。与之对比，鸟类的胸腺组织虽然也分化不明显，但鸟类的其他免疫器官却远比爬行类发达。
从具体执行免疫功能的细胞——免疫细胞来看，爬行类体液中的抗体种类也比较单一，在应付千差万别的各种病原微生物的特异性免疫方面效果不佳。另外，爬行动物的变温性质也限制了免疫细胞的增殖速度，因此它们很难适应不同病菌的侵袭。现代生存的变温脊椎动物主要靠天然防御系统去非特异性地抵抗病原微生物的侵袭，并在某些方面功能有所加强。例如，鲨鱼有角鲨胺，蛙有麦格宁等高效防御肽，鳄鱼的胃液中有强大的胃酸，可以破坏细菌结构，从而弥补免疫系统的缺陷，保证种族的顺利延续。但是这些强化因素依然无法与哺乳动物体内完善的特异性免疫系统相媲美。
所以，一方面，气候变冷导致恐龙的代谢和活动减弱，另一方面，恐龙的免疫系统非常不完善，再加上气候变化导致病原微生物产生了很多变异，使得恐龙落后的免疫系统无法战胜新出现的烈性传染病，最终导致了恐龙灭绝。
大规模海底火山爆发
也有学者认为，造成恐龙灭绝的原因很可能是大规模的海底火山爆发。
