几乎与编选《雨霁》同时, 长篇小说《日瓦戈医生》历时8年终于完稿。整部小说最先是1957年在米兰以意大利文出版的, 第二年, 因“在现代抒情诗和伟大的俄罗斯传统叙事文学领域所取得的重大成就”, 帕斯捷尔纳克被授予诺贝尔文学奖。但在国内, 却因《日瓦戈医生》在意大利出版, 当局很快就掀起一场新的批判帕斯捷尔纳克的运动。苏联作家协会开除了他的会籍, 不明真相而又听命于领导的群众在当时团中央第一书记谢米恰特内的煽动下, 在帕斯捷尔纳克住宅前示威, 他们举着标语游行, 呼喊着把帕斯捷尔纳克驱逐出境的口号:“犹大——从苏联滚出去!”并用石块打碎门窗和玻璃。如果不是印度总理尼赫鲁直接给赫鲁晓夫打电话, 声称他本人准备担任保卫帕斯捷尔纳克委员会主席的话, 帕斯捷尔纳克很可能被驱逐出境。
为了留在深爱的祖国, 帕斯捷尔纳克不得不公开拒绝了诺贝尔文学奖, 致电瑞典文学院:“鉴于我所从属的社会对我被授奖所做的解释, 我必须拒绝领奖, 请勿因我的自愿拒绝而不快。”他还被迫签署了致赫鲁晓夫和致《真理报》的信文。致赫鲁晓夫的信请求不要将自己驱逐出境:“我得悉, 政府‘将不会对于我离开苏联制造任何障碍’。对于我来说, 这是不可能的。我出生在这里, 生活在这里, 工作在这里, 我同俄罗斯是不可分的。我无法想象, 我的命运会与俄罗斯分开, 我会身处俄罗斯境外。”致《真理报》的声明则主要被迫公开声明放弃诺贝尔文学奖, 并为自己的所谓“错误”进行了适当的辩解:“一周以来, 我看到了围绕我的长篇小说的政治运动达到了何等的规模, 从而深信这种授奖的做法是一种政治行为, 并且已经造成了骇人听闻的后果。于是, 我自己做出决定, 并无任何人强迫我, 寄出了表示自愿放弃的通知”, 但“我从来不曾有过损害自己国家和人民的想法”, “确实, 如果注意到批判地分析长篇小说得出的结论, 那么, 就是说, 似乎我在长篇小说中支持的是下面一些错误观点。我似乎在断言, 任何革命都是历史上的非法现象, 这种非法现象之一便是十月革命, 十月革命给俄罗斯带来不幸, 并造成俄国正统知识分子的死亡。我清楚, 这样的断言, 而且竟然把它解释到荒谬的地步, 我不能承认是我自己的意思。而且, 我的受到诺贝尔奖的劳动竟授人以柄做出如此令人伤心的解释, 这才是我最终拒绝受奖的原因”。在《诺贝尔奖》一诗中他表达了对此事的看法:“我像头被围猎的野兽完蛋了。/有个地方有人、光和自由, /我身后却是追捕的叫喊声, /我于我, 往外已无路可走!/眼前是密林和池塘的岸, /还有砍倒的枞树原木, /从四面八方来的去路被切断, /随它去吧, 我不在乎。//我干了什么伤天害理的事?/我是恶棍还是个杀人犯?/我只是迫使整个世界/为我美丽的大地痛哭一番。//因此, 在行将就木时, /我相信, 那时辰必将降临——/善的精神将降服/卑鄙和恶的力量。”(顾蕴璞译)在一连串猛烈的打击下, 帕斯捷尔纳克身心交瘁, 一蹶不振。他不敢在莫斯科的住宅居住, 而被迫无奈地迁移到莫斯科郊区偏僻的农庄, 孤独地住在作家村, 心脏病不时发作, 很难出门。妻子奈豪斯不准他的红颜知己伊文斯卡娅进他们家门, 两人极少见面, 甚至无法互通消息。帕斯捷尔纳克在痛苦与孤寂中度过了他苦难一生中的最后两年。
