我国高等教育评估经过20世纪80年代中后期多方位的试点、实践和理论探讨，终于在20世纪90年代作为一项重要的政府管理高校的制度被确定下来。虽然，按照许茂祖教授的观点[4]，1990年后仍然是一个扩大评估试点并逐步推开的阶段，但是1990年原国家教委出台了一个在我国高等教育评估历史上有里程碑意义的文件，即《普通高等学校教育评估暂行规定》。这一文件的出台标志着我国高等学校教育评估逐渐走向规范化和科学化。其更为重要的意义是高等教育评估制度从此在我国建立了起来。1990年，原国家教委从中国高等教育办学实际出发，在合理吸收学术界研究成果并借鉴国外先进评估经验和方法的基础上，正式出台了《普通高等学校教育评估暂行规定》。其对中国高等教育评估的性质、主要目的、基本任务、指导思想、评估机构、评估基本形式等都作了明确的规定，初步确立了中国高等教育评估制度的基本雏形。《规定》中，第一条明确规定“为了建设有中国特色的社会主义高等学校，加强国家对普通高等教育的宏观管理，指导普通高等学校的教育评估工作，特制定本规定”。第二条：“普通高等学校教育评估的主要目的，是增强高等学校主动适应社会需要的能力，发挥社会对学校教育的监督作用，自觉坚持高等教育的社会主义方向，不断提高办学水平和教育质量，更好地为社会主义建设服务。”第三条：“普通高等学校教育评估的基本任务，是根据一定的教育目标和标准，通过系统地收集学校教育的主要信息，准确地了解实际情况，进行科学分析，对学校办学水平和教育质量做出评价，为学校改进工作，开展教育改革和教育管理部门改善宏观管理提供依据。”
通过这样明确的规定，政府把高等教育评估紧紧地限定在“政府对高校进行宏观管理”的框架范围内，无疑对被评估者起到很好的调控作用。其实在制度化的高等教育评估开展以前，最早进行的对高等工业学校进行的办学水平评估，政府也确定了其主要目的，包括：第一，为了“确保高等工程教育的基本质量”，也就是合格与不合格的问题；第二，为了“重点扶植一些学校的学科专业，增强科学研究能力，培养高质量的专门人才”；第三，为了“指导和推动高等工程教育事业的发展、改革和提高”；第四，为了“使高等工程教育获得更大的压力、动力和活力，不断提高办学水平，多出人才，出好人才，更好地为社会主义现代化建设服务”，并突出强调第四条是开展高等工程教育评估的根本目的。[5]政府不仅对评估目的、任务等做了明确的规定，对各级政府和评估机构的评估职责也都做了明确的规定。[6]
第三，评估领域优先选择的决断权。政府对高等教育评估的调控还体现在政府掌握着评估领域优先选择的决断权。优先评估什么，怎么评估都是由政府决定的。20世纪80年代中期，政府考虑到我国当时的国情，考虑到我国当时高等工程教育的重要性，首先选择对高等工程教育进行评估，把高等工程教育评估作为我国高等教育评估发展的突破口。后来五年一轮的本科教学工作水平评估的正式启动也是如此。随着高等教育评估研究和实践工作的不断发展，政府逐渐把高等教育评估工作的重点放在了本科教学评估上。
