评估的结果是否正确，最为首要的问题就是评估的价值选择是否合适。高等教育评估活动既是一种政府管理高校的手段，有着管理意义上的价值；同时，高等教育评估活动的对象又是有着鲜明特殊性的教育问题，其有着不可规避的教育价值。对于评估学生个人来说，还存在知识价值和能力价值的选择。当然，高等教育作为培养社会发展所需人才的组织而言，还承担着社会价值，但是个人的发展也是其不可忽视的一个方面。不仅如此，任何一种具体评估都有其特定的目的，有其具体的价值。在评估主体逐渐多元，评估利益群体不断分化，评估功能不断拓展的情况下，评估目的的价值选择就更为重要，其直接涉及评估能否健康发展，能否引导高等教育健康发展。就一般意义而言，高等教育评估主要涉及三对价值的选择与兼顾。
一、管理价值和教育价值
高等教育评估的管理价值追求和教育价值追求，荀振芳博士已经做了认真的研究和详细的论述。[1]众所周知，高等教育评估在我国本身就是作为一种政府宏观管理高等学校的手段提出来的，所以其管理价值的追求自然就不言而喻。由于我国传统公共行政管理模式的指导，高等教育评估对其管理价值的追求尤为突出。体现为评估的目的就是加强政府对高等教育的宏观管理。评估的实施也是以管理为导向，表现为考查高校资源的利用效率和对教师、对学校行政管理进行绩效考核等。这些都是管理价值追求的鲜明体现。但是，当下我国的高等教育评估在追求其管理价值的同时，似乎对评估的教育价值并没有给予足够的重视。
我们应该清楚高等教育评估是对高校价值的判断。这就需要结合高校的特殊性来考量这一问题。高等教育评估顾名思义就是对高等教育进行的评估，所以，最为重要的就是重视高等教育评估的“特殊性”。高等教育评估之所以特殊，是因为它的评估对象是高等教育内部的复杂系统，包括高等教育内部的人、制度、学术、文化等。而高等教育作为一种特殊的社会活动，把培养人才作为其存在的鹄的。故高等教育的价值理性就是其“教育性”，即“促进受教育者的全面发展”。首先高校是推动社会经济、政治和文化发展的重要机构，同时高校也是培养人，促使受教育者身心健康、全面发展的场所。而且，大学还是一个培养社会良心的地方。金耀基就指出，“大学是一个栽培普遍性的理念与理想，如平等、公正、和平的地方，这些理念与理想对于纯洁而有朝气的大学生具有启发与挑激的作用”[2]。高等教育评估的管理价值固然重要，但是，高等教育评估的教育价值更为核心。它不仅承担培养适合社会发展的人才的重任，还承担被教育者个人发展的重任，还有培养他们具有批判意识和社会良心的责任，等等。这些都是教育价值的体现。高等教育评估在这些方面也应该有所体现。否则高等教育评估的教育价值将被管理价值所掩盖，而对高等教育的发展造成重大不良影响。对大学的评估不应该只注重管理价值的追求，而不关心大学是否培养了大学生的普世理念和批判意识以及责任使命等。但是，现行的高等教育评估就存在这样的偏向，这样的评估是存在风险的，并不一定能够促进高等教育健康发展。高等教育评估不应该是单一的，更应该是按不同目的进行不同选择的评估体系。故要想使高等教育评估健康发展就必须使高等教育评估的管理价值和教育价值得到兼顾。
二、能力价值和知识价值
