进入21世纪，国家继续深入推行经济和管理体制改革，加快推行农村教育管理体制改革、中小学教育资源调整、国有企事业单位教育职能剥离等改革，但此时与社会转型相适应的学前教育事业发展与管理新体制并没有建立，学前教育事业发展受到强烈冲击，仍然面临着前所未有的困难和挑战。针对这一情况，国务院在2003年转发了教育部等十部委联合发布的《关于幼儿教育改革与发展的指导意见》。
《关于幼儿教育改革与发展的指导意见》是在全面、深入把握当时我国学前教育事业发展的现状与问题的基础上出台的。2001年，教育部召开全国学前教育工作座谈会，会议就学前教育取得的成绩和发展的前景进行全面总结和深刻分析，就当时学前教育事业发展存在的问题及如何推动“十五”期间学前教育事业的发展提出了改革思路，尤其是就政府加大投入、改革收费办法、发挥示范园的作用、建立以社区为基础发展早期教育的模式等重大问题提出了具有突破性的改革意见。这项工作得到国务院的高度重视，中央各有关部委积极配合教育部，认真分析和确定了各自在新时期学前教育事业发展中的任务和改革办法。国务院办公厅还召开了由部分省（自治区、直辖市）政府秘书长、教育厅长和县教育局长、幼儿园园长代表参加的会议，广泛听取来自基层的修改意见。
《关于幼儿教育改革与发展的指导意见》就解决当时学前教育发展中出现的一系列重大问题提出了意见，明确了“十五”期间我国学前教育改革与发展的目标，并提出要实现上述目标，必须从以下五方面着手：进一步完善学前教育管理体制和机制，切实覆行政府职责；加强管理，保证学前教育事业健康发展；全面实施素质教育，提高幼儿教育质量；加强师资队伍建设，努力提高幼儿园教师素质；加强领导，保证幼儿教育改革与发展的顺利进行。
《关于幼儿教育改革与发展的指导意见》的主要特点有以下几点。
其一，明确各级政府的责任，完善“地方负责、分级管理”的管理体制。
文件首次明确了从中央、省、地、县、乡（镇）级政府到村民委员会应承担的具体职责和任务，明确了农村学前教育的管理体制为：由县负责举办公办园，乡（镇）负责举办乡镇中心园，村要发展多种形式的学前教育，包括幼儿班、非正规的教育形式，即“三级办学，二级管理”。该文件首次明确“乡（镇）财政预算也要安排发展学前教育的经费”，农村义务教育实行“以县为主”的体制，把幼儿教育的责任和管理权力交给乡级政府，实现了重心下移、责任落实到位，以改变管理薄弱状况。
其二，明确了新形势下各部门管理职能的重点工作内容。
例如，编制部门要制定幼儿园教职工的编制标准；劳动和社会保障部门要统筹研究农村幼儿园教师的养老保险问题；教育部门会同财政和物价主管部门按照不以营利为目的的原则，制定幼儿园（班）收费管理办法；卫生部门负责拟定有关卫生保健方面的法规和制度，监督和指导幼儿园卫生保健工作；建设部门要在城镇改造和城市小区建设过程中建设与居住人口相适应的幼儿园；民政部门要把发展学前教育作为城市社区教育的重要内容。
其中关于收费的问题，《关于幼儿教育改革与发展的指导意见》首次提出在坚持学前教育公益性本质的基础上实行“按成本合理收费”的改革，即按每一个幼儿园的实际合理需求核定成本的收费管理办法。这既规范了收费行为，又保证了幼儿园的经费有合法的来源，并改变当时收费管理不力的状况。该文件明确了管理权限：省级部门制定收费最高和最低标准，县级部门确定幼儿园收费标准，民办园的收费实行备案和公示制度。这些改革办法符合《中华人民共和国民办教育促进法》的原则，有助于实现非义务教育在市场经济下的相对公平价值，以推动各类幼儿园的规范管理。
