1.理论基础不同
质性研究与定量研究理论基础不同。定量研究的理论基础是西方哲学史上发展了一百多年的实证主义哲学，而质性研究的理论基础则包括建构主义、后实证主义、解释学、现象学等各种理论流派，虽然这些理论流派之间的观点有着不同之处，但与实证主义有着本质的区别。这主要体现在以下三个方面。
第一，对本体论两者有着不同的前提假设。实证主义认为，现实事物是不以人们的意志为转移的，是客观存在的，不受主观价值因素的影响。主体和客体是两个截然分开的实体，主体可以通过对一套工具的操作而获得对客体的认识，必须建立在经验的基础之上，社会现象是可以被经验地感知，一切要领必须还原为直接的经验内容，理论的真理性必须用经验来验证。而以现象学为代表的哲学流派则认为，社会现实的本质并不是客观存在的，而是因不同的人在不同的时空赋予各不相同的意义。主体对客体的认识实际上是主体在和客体的互动关系中对客体的重新建构，主体和客体两者是一个互为主体的关系。
第二，在认识论上，实证主义极力推崇经验的作用，认为主体对客体的认识必须建立在经济的基础上，一切概念必须还原为直接的经验内容，理论的真理性必须由经验来验证，认为“知识”有其客观的规律，具有可重复性。研究者只要遵循一定的方法规范，就可以将研究的结果在更大的范围内推广。而以现象学为代表的哲学流派则否认事实与价值是相互独立的客体，他们认为对知识的认识不是唯一不变的，它是在具体社会文化情境的建构，是参与各方面通过互动而达到的一种短暂的共识。知识是一个重构的创造的问题，不存在带有普遍意义的、脱离具体情境的、抽象的知识。
第三，在方法论上，实证主义倾向于夸大科学方法的作用，视自然科学的方法论逻辑为科学理论合理性的依据，试图将自然科学的方法运用于包括哲学、人文科学和社会科学在内的一切研究领域。正是科学主义在教育研究领域的大力提倡，使人们误以为教育研究就是要提倡那种不以人的主观意志为转移的客观规律，强调对教育的研究应精确化、量化。而以现象学为代表的哲学流派则对此提出了猛烈的批评，他们认为人为万物的尺度，因此应关注人生的价值、意义、态度与理解，关注价值世界，注重情感、创造性的智慧和对生命的感受。而这一切是无法用数学的语言、用数据的形式来表现的，只能通过描述性、解释性的语言来实现。用科学的方法去研究教育现象，只会导致对人的肢解和教育活动的僵化。
2.研究者与被研究者关系不同
在定量研究中，为了对教育现象进行客观公正的研究，强调研究者必须与研究分开，以避免偏见。而事实上，在教育研究者对教育现象进行定量研究之前，他所提出的研究问题、建立假设的理论基础及其对教育事实的抽取和分析，都隐含着他的价值倾向。所以，试图把研究者与研究分开是不可能的。研究者无法把教育现象与自然孤立起来，他是参与在教育情境之中的，无论是有意识的还是无意识的。
质性研究注重从研究者本人同在的观点去了解他们所看到的世界。它强调在自然情境中作自然式探究，在自然的情境中收集现场发生的事件的资料，最主要的研究工具是研究者本人。他们在自然的情况下通过与参加者交谈，与被研究者作长期的接触，观看他们的日常生活，自然地、直接地接触被研究对象的内心世界，以期获得被研究者在自然情境中的第一手知识和现场自然发生事件的资料。
3.研究方法不同
定量研究主要用观察、实验、调查、统计等方法研究教育现象，对研究的严密性、客观性、价值中立都提出了严格的要求，力求得到客观事实。定量研究通常采用数据的形式，对教育现象进行说明，通过演绎的方法来预见理论，然后通过收集资料和证据来评估或验证在研究之前预想的模型、假设或理论。定量研究是基于一种称为“先进理论”的基础，这种理论以研究者的先验想法为开端，这是一个自上而下的过程。
质性研究大多是采用参与观察和深度访谈而获得第一手资料，具体的方法主要有参与观察、行动研究、历史研究法、人种志方法。其中参与观察，是质性研究中经常被用到的一种方法。参与观察的优势在于，不仅能观察到被观察者采取行动的原因、态度、努力程度、行动决策依据，通过参与，研究者还能获得一个特定社会情景中一员的感受，因而能更全面地理解行动。然后通过对观察和访谈法等所获得的资料，采用归纳法，使其逐步由具体向抽象转化，以至形成理论。与定量研究相反，质性研究是基于“有根据的理论”为基础的。这种方式形成的理论，是从收集到的许多不同的证据之间相互联系中产生的，这是一个自下而上的过程。
4.研究目的不同
定量研究是通过对社会事实的测量，发现教育规律，旨在确定它们之间的关系以及解释变化的原因，以指导教育实践。质性研究比较注重参与者的观点，旨在理解社会的现象，关注不同的人如何理解各自生活的意义，以揭示各种教育情境的内部动力和定量研究所忽视或舍弃了的人类经验中那些特性层面。
