与一般科学研究相比，历史研究有许多不同的特点。
第一，一般科学研究主要是对事实进行观察、分析和概括，从而对事物的发展进行预言，但历史学家通常不能根据过去的事实进行概括，因为过去的事实经常是意外发生的或者不是按照计划形成的。历史的形成常常有许多不可控的因素，例如由于一个人或一些人的影响或作用，历史可能会发生重大的变化或转折。
第二，与一般科学研究不同的是，历史研究必须依靠别人已经报告过的观察，依靠不确定的证据和不确定的事实来进行研究；通过对片段的或不确定数据的分析，勾画出接近历史本来面貌的东西。因此，有的研究者指出，历史学家就像一个试图去完成一个复杂的和缺少许多部分的拼图玩具的人，在历史研究过程中，他要根据不完整的证据，对已经发生了的事实和为什么发生的原因进行推断，来填补那些没有完成的部分。
第三，与一般科学研究在实验室里进行的可以有创造成果的物理或化学实验不同，历史研究既不能够控制观察的条件，也不能操作有意义的变量。历史研究中的事实是不可重复的；同样因素或条件下的历史也是不能再现的。当然，历史研究与一般科学研究也有相似的方面。历史研究也需要限定问题，形成假设或提出要回答的问题；历史研究也需要收集和分析原始的数据，检验一致的或不一致的假设，形成概括和结论。在研究方法上，历史学家可以用传统的定性的方法，也可以使用定量的方法。
历史研究方法的基本特点主要表现在以下几个方面。
1.历史性
首先，历史研究法的主要研究对象是过去发生的教育事件（包括观念、运动或体制），研究目的是通过对教育事件的历史发展实际过程及具体内容的考察，借以探求教育发生、发展、演变的历史规律，并对它未来发展的基本趋势提出科学预言。其次，在研究过程上，按照历史的时间顺序和空间范围再现历史的全过程，包括它的每个发展阶段。
2.具体性
历史研究是在丰富而具体的文献资料基础上，揭示研究对象发展过程中的一切历史形式、全部丰富的内容以及各种相关因素，从中探寻基本规律，所以必须把握最能说明问题的史料。
3.历史研究是以逻辑分析法为主
由于历史研究常常以不完整的证据为基础，必须透过推测事件发生的内因和外因来填补空缺，因此在历史研究中逻辑分析法就十分重要了。
