这一时期，教育部先后制定了有关远程教育的方针、政策、制度和措施，加强了网络学院管理、校外学习中心（点）管理、招生管理、毕业证书和电子注册管理，建设了远程教育公共服务体系，建立了远程教育质量监管系统，实行了年报年检和抽查制度。其中，重点出台了一系列文件对招生管理和校外学习中心（点）管理进行严格的规范。加强招生管理的文件有教电〔2003〕369号《教育部办公厅关于严格现代远程教育招生工作管理的紧急通知》，教高厅〔2004〕9号《教育部办公厅关于做好2004年现代远程教育试点高校网络教育招生工作的通知》，教高〔2005〕2号《教育部关于做好2005年现代远程教育试点高校网络高等学历教育招生工作的通知》；加强校外学习中心（点）管理的文件有教高厅〔2002〕1号《教育部办公厅关于印发〈关于现代远程教育校外学习中心（点）建设和管理的原则意见〉（试行）的通知》，教高厅〔2003〕2号《教育部办公厅关于印发〈现代远程教育校外学习中心（点）暂行管理办法〉的通知》，教高司函〔2003〕173号《关于规范现有现代远程教育校外学习中心（点）管理工作的通知》，教高司函〔2004〕141号《关于加快对现有现代远程教育校外学习中心（点）清理整顿工作的通知》。
这一时期通过一系列的规范政策和管理措施，国家教育行政部门逐渐建立了年报年检制度、网络统考制度等质量保障制度。
年报年检对象为普通高校网络教育学院、中央电大开放教育试点项目及公共服务体系，主要包括学校自检、年报、抽查和年检4个关键步骤，省级教育行政部门对校外学习中心（点）进行检查评估。从2003年开始，教育部组织力量设计开发了网上年报年检系统，采用信息化手段开展年报年检工作，实现年报年检的网上申报、自动统计分析和网上评审。年报年检系统和教学评估系统在现代远程教育质量监管体系建设及信息管理中起着极其重要的作用，为现代远程教育基本要素分析、质量管理分析、质量监管系统项目研究内容分析提供了标准化的基础数据，为教育部科学决策提供了依据和有力支持。2003年1月，教育部办公厅下发《关于对现代远程教育试点学校网络教育学院开展年报年检工作的通知》，决定对试点高校的现代远程教育实行年报年检。在随文件一同下发的现代远程教育试点高校自查要点中，将办学定位、招生、考试、教学方式、教学资源、校外学习中心（点）等纳入检查范围。年报年检制度在实施的过程中不断完善，逐步形成了学校自检、学校撰写并提交自评报告、教育部审查年报材料、专家组实地检查抽查、做出年检结论的运行机制。针对年检不合格的高校，国家教育行政部门会根据其问题的严重程度采取限期整改、复检，乃至停止招生的处理措施。截至2017年12月，已有十几所高校在年报年检中被发现问题而受到教育行政部门的处理，有的高校至今尚未恢复招生。经过十余年发展，年报年检已经成为我国现代远程教育一项较为成熟的质量监管制度，规范了试点高校的办学行为；基于年报年检所建立的现代远程教育基础数据库，成为教育行政部门监控现代远程教育办学的管理基础，提高了管理的科学性和规范性。
