选择性教师证书项目一直存在的争议，包括以下几个方面。
1.对教学的认识
教学是一种工艺（craft）还是一种专业（profession）?学者哈里（Hawley，W.D.） 指出，选择性教师证书项目的倡导者把教学视为一种直观性的工艺，认为新手应该在工作中向有经验的教师学习，因此，师徒制更适合用于教师培养。相应的，他们把学科专业知识和工作投入视为有效教学的条件。这种观点被教师教育者戏称为“火箭科学家的逻辑”（RocketScientist' rationale）。[1]哈利特（Hazlett，J.S.）也指出，如果一个智力正常的学习者能很快掌握某种工作的“诀窍”的话，那么这种工作充其量只是一种工艺而不是专业。他认为，教学是一种复杂的心理和社会性事业，充满了各种困难和偶然性。从事教学意味着要应用系统的知识进行判断，也意味着对新的知识进行探究和发现，这就叫专业。[2]
2.由谁来培养教师以及在哪儿培养教师
在工艺性教学观的引导下，支持者认为，学习教学最好的方法是在有经验教师的指导下进行真正的教学，[3]师徒制是培养教师的理想模式，中小学课堂自然成为培养教师的场所，不再需要大学教育学院来培养教师。支持者认为，选择性教师证书项目打破了大学对教师培养的垄断，这种垄断培养几乎没有为教师提供实用性的内容。[4]教师教育者极力反对这种弱化教育学院的观点，提出教师培养过程是极为严谨的，它包括三个关键的因素：①课程之间的连续性与整合性，课程学习与临床学习的联系；②深入的、有指导的实习，在实习中把教育学的理论和实践联系起来；③与中小学校建立伙伴关系。[5]有学者指出，要养成教学所必需的资格能力，需要经历必要的学习过程，包括完成本科层次的文理教育，具有任教学科的专业知识，修读8～10门课程并进行与课程相关的实践，为期一年的实习，1～2年的入职指导以及持续的专业发展。[6]
3.关于选择性教师证书项目的课程内容、数量以及期限
反对者对选择性教师证书项目的攻击主要集中在修读课程少、修读时间短方面，认为这些因素会直接影响到教师教学的有效性。倡导者运用现有的研究进行申辩，认为从有关教师教育内容和学生学业成就的关系来看，没有证据表明如果教师在大学期间修读更多的数学课，那么他们的学生的数学成绩会更好，[7]只有很少量的证据表明，在历史、英语和科学等学科上，如果教师修读更多的课程，他们的学生会有所受益。[8]有研究发现，教师职前培养的学科教学法方面的课程，对中小学生数学考试成绩有积极的影响，但是，其他诸如教育理论、教学方法、课堂管理等方面的课程与学生学业成就没有关系。[9]对选择性教师证书项目的研究指出，没有证据证实修读更多的课程与教师课堂表现相关，也就是说，没有证据证实要求修读更多的课程会产出更有效的教师。也没有证据证实教师所修读课程的内容与教师有效性相关。[10]这些研究结论成为倡导者实施选择性教师证书项目的依据。支持者还声称，只有学科教学知识和口语能力是新教师职前需要接受的训练。[11]
有学者对选择性教师证书项目课程的学时要求与大学化教师教育进行比较发现，前者的修读课程学时要求从75小时～795小时不等，后者的修读课程学时要求是240小时～1380小时。因此，并不是所有的选择性教师证书项目的修读课程学时要求都低于大学化教师教育。例如，新泽西州所有的选择性教师证书项目的修读课程学时要求都低于大学化教师教育，但是在加州，两类计划的要求是类似的。[12]
4.对选择性教师证书项目效果的质疑
