当漆黑一团之际，自然先有意志，才起变动。……若说何不设一预定之计划而动，我可以说至今也不曾计划得好，何论当初。自然先是瞎撞，胆大妄为，全要仗着情感。故意志立而情感生，必为原始时候的真相。任情而行，遭遇阻碍，遂由思维而生理智，由理智而增意志，从而再增情感，从而再增理智，如环无端，变动不已，绵延不可分。[14]
胡适则在《科学与人生观序》中极力称赞吴稚晖的观点，认为：他一笔勾销了上帝，抹杀了灵魂，凿穿了“人为万物之灵”的玄秘。这才是真正的挑战。我们要看那些信仰上帝的人们出来替代上帝向吴先生作战。我们要看寻些信仰灵魂的人们出来替灵魂向吴先生作战。[15]这表明胡适虽然对基督教有宽容的态度，但是他和其他科学派一样，对于上帝和神的存在还是持根本否定态度的。
在科玄论战前后发生的非基督教运动，固然主要是一个中国热血青年的反帝国主义的爱国主义运动，但是，由于这批非基督教运动的青年深受五四新文化运动的科学与民主及共产主义的影响，也从科学的立场反对基督教。正如论者所说：
为什么中国知识界和青年学生，甚至包括许多教会学校的学生，要群起而反对基督教呢？原因大致有四：一是在当时的国际形势之下，中国救亡的迫切任务压倒了民主与科学的呼唤，中国基督徒也和中国人民一起经受了民族觉悟和爱国热情的洗礼。二是当时的国际思潮如科学实证主义、进化论和共产主义等方兴未艾，影响了中国知识分子，产生了一种对科学的迷信和对暴力革命的向往。[16]
事实上，当时“非宗教大同盟”的宗旨就是：“我们为尊重科学，破除迷信，提高自信力，保持国民人格，反对帝国主义侵略，力图自强自治起见，决定发起非宗教运动”，“最后目的，是笃信科学，尊重人们的自觉，拒绝帝国主义者的愚弄、欺骗……向新的、民主的、自由的社会前进”。“非宗教同盟只有一个目标：消灭一切宗教以培养科学精神。”[17]而当时的北京非宗教大同盟就在其《宣言》中也十分明确地指出，宗教的流毒甚广甚深，不仅科学真理不相容，也与人类社会相对立。他们说：
我们自誓要为人类社会扫除宗教的毒害。我们深恶痛绝宗教之流毒于人类社会，十百千倍于洪水猛兽。有宗教可无人类，有人类应无宗教。宗教与人类，不能两立。人类本是进化的，宗教偏说“人与万物，天造地设”。人类本是自由平等的，宗教偏要说：束缚思想，摧残个性，崇拜偶像，主乎一尊。人类本是酷好和平的，宗教偏要伐异党同，引起战争，反以博爱为假面具骗人。人类本是好生乐善的，宗教偏要诱之以天堂，惧之以地狱，利用非人的威权道德。……好笑的宗教，与科学真理既不相容：可恶的宗教，与人道主义，完全违背。[18]
[1] 陈独秀：《敬告青年》，《青年杂志》，第1卷第1号，1915年9月15日。《独秀文存》，第8—9页。
[2] 陈独秀：《再论孔教问题》，《独秀文存》，第91页。
[3] 陈独秀：《基督教与中国人》，《独秀文存》，第283页。
[4] 陈独秀：《新文化运动是什么》，《陈独秀著作选》第2卷，第125页。
[5] 蔡元培：《佛教护国论》（1900年），《蔡元培选集》下册，第980—983页。
[6] 蔡元培：《中国科学社征集基金启》（1918年），《蔡元培选集》下册，第928页。
[7] 牟德刚：《胡适留学美国期间对基督教的态度以及变化原因》，《温州师范学院学报》，2003年第4期。
[8] 白吉庵：《胡适传》，《西乞医国术1910—1917》/《几乎做了基督徒（1）》，.
[9] 胡适：《不朽——我的宗教》，葛懋春、李兴芝编辑：《胡适哲学思想资料选》（上），华东师范大学出版社1981年版，第172页。
[10] 胡适：《不朽——我的宗教》，葛懋春、李兴芝编辑：《胡适哲学思想资料选》（上），第173页。
[11] 胡适：《基督教与中国》，《生命》，第2卷第7册，1922年3月。
[12] 胡适：《揭穿认真作假的和尚道士》，《胡适说禅》，东方出版社1993年版，第37页。
[13] 胡适：《读王小徐先生的〈佛法与科学〉》，《胡适论学近著》，山东人民出版社1998年版，第472—474页。
[14] 转引自朱经农：《科学与宗教》，《文社月刊》，第3卷第3册，1928年1月，第5—10页。
[15] 胡适：《〈科学与人生观〉序》，《科学与人生观》，上册，上海亚东图书馆1923年版，第2页。
[16] 汉芮：《中国基督教记事（现当代部分）》，《生命季刊》，第3卷第4期，总第12期。
[17] 赵清：《从反“孔教”运动到“非宗教大同盟”运动——五四前后知识分子反宗教道路剖析》，《五四运动与中国文化建设》（下），第748—749页。
[18] 张钦士编：《国内近十年来之宗教思潮》，燕京华文学校1927年版，第193—194页。
