宗教家往往说灵魂不灭，死后须受末日的裁判：做好事的享受天国天堂的快乐，做恶事的要受地狱的苦痛。这种说法，几千年来不但受了无数愚夫愚妇的迷信，居然还受了许多学者的信仰。但是，古往今来也有许多学者对于灵魂是否可离形体而存在的问题，不能不发生疑问。最重要的如南北朝人范缜的《神灭论》说……宋朝的司马光也说：“形既朽灭，神亦飘散，虽有倒烧舂磨，亦无所施。”近世唯物派的学者也说，人的灵魂并不是什么无形体独立存在的物事，不过是神经作用的总名。灵魂的种种作用，都即是脑部各部分的机能作用；若有某部被损伤，某种作用即时废止。人年幼时脑部不曾完全发达，神灵作用也不能完全；老年人脑部渐渐衰耗，神灵作用也渐渐衰耗。这种议论的大旨，与范缜所说“神者形之用”正相同。[9]
其实，胡适对宗教的否定，主要依据是来自于近代科学。他像陈独秀那样，坚信科学的验证，反对违反科学理性的一切东西。宗教都免不了有神秘主义的内容，胡适恰好以科学的实验主义来批判它。他说：“这个‘神秘玄妙’的物事究竟是什么，他们也说不出来，只觉得总应该有这么一件物事。既是‘神秘玄妙’，自然不能用科学试验来证明他，也不能用科学试验来驳倒他。既然如此，我们只好用实验主义（Pragmmatism）的方法，看这种学说的实际效果如何，以为评判的标准。依此标准看来，信神不灭论的固然也有好人，信神灭论的也未必全是坏人。即如司马光、范缜、赫胥黎一类的人，虽不信灵魂不灭的话，何尝没有高尚的道德?更进一层说，有些人因为迷信天堂、天国、地狱、末日裁判，方才修德行善，这种修行全是自私自利的，也算不得真正道德。总而言之，灵魂灭不灭的问题，于人生行为上实在没有什么重大影响；既没有实际的影响，简直可说是不成问题了。”[10]
不过，胡适虽然对宗教进行了激烈的批判，他对不同宗教的态度还是有所不同的。比如说，他对佛教的态度，更多的是否定，而对基督教的态度更多的是宽容。1922年他在基督教刊物《生命》月刊上发表《基督教与中国》一文，明确指出：“中国知识阶级对于基督教，我认为应该有两种态度。第一是容忍（Toleration）；第二是了解（Understanding）。承认人人有信仰的自由，又承认基督徒在相当范围的有传教的自由：这是容忍。研究基督教的经典和历史，知道他在历史上造的福和作的孽，知道他的哪一部分是精彩，哪一部分是糟粕，这是了解。”[11]这显然与上述所示他留学美国时所受基督教的影响有关。
胡适对待佛教的态度却大不相同。他虽然从1923—1924年开始研究禅宗史，但他自称是有感于“禅宗佛教里百分之九十，甚或百分之九十五，都是一团胡说、伪造、诈骗、矫饰和装腔作势”。[12]因此，他对佛教从来就没有好感，总是批判、讽刺和否定。1930年著名工程学家王小徐博士通过多年对佛教的修行和研究，出版了《佛法与科学》一书，强调佛法与科学相辅相成。王小徐将该书送给胡适指正，胡适看后，明确地表示“其实信仰佛法的人，也大可以不必枉费精力来做这种搭题文章”，批评王小徐是“聪明人滥用他的聪明”，完全违背了科学，作为佛弟子的王小徐的“立场是迷信”的。[13]这也就是说，在胡适眼里，佛教根本就是迷信，完全违反科学。
对于民国时期的基督教的生存构成严峻挑战与威胁的，主要还是20世纪20年代发生的科玄论战和非基督教运动。
科玄论战中的科学派代表人物吴稚晖发表了著名的长文《一个新信仰的宇宙观及人生观》，全面批判玄学和宗教，将玄学和宗教看成是人类世界之外的侵略者。他说：
