在民国时期最有持续影响力的五四新文化运动，最耀眼的旗帜当然就是科学与民主。作为这场思想文化启蒙运动的领导者和主要旗手，陈独秀在《青年杂志》创刊号上，就号召现代新青年，应当使自己具有科学的精神，而非凭空想象。他说：
科学者何?吾人对于事物之概念，综合客观之现象，诉之主观之理性而不矛盾之谓也。想象者何?既超脱客观之现象，复抛弃主观之理性，凭空构造，有假定而无实证，不可以人间已有之智灵，明其理由，道其法则者也。在昔蒙昧之世，当今浅化之民，有想象而无科学。宗教美文，皆想象时代之产物。近代欧洲之所以优越他族者，科学之兴，其功不在人权说下，若舟车之有两轮焉。今且日新月异，举凡一事之兴，一物之细，罔不诉之科学法则，以定其得失从违；其效将使人间之思想云为，一遵理性，而迷信斩焉，而无知妄作之风息焉。……凡此无常识之思维，无理由之信仰，欲根治之，厥维科学。[1]
对于各种宗教信仰，陈独秀更是坚持以科学的立场出发来对待，对于不符合科学理性的信仰，尽在摒弃之列。他在自述自己的信仰时，也自然以不违背科学的为准则，甚至提出“以科学代宗教，开拓吾人真实之信仰”的主张。他说：
第一，余之信仰。人类将来真实之信解行证，必以科学为正轨，一切宗教，皆在废弃之列，其理由颇繁，姑略言之。盖宇宙间之法则有二：一曰自然法，一曰人为法。自然法者，普遍的，永久的，必然的也，科学属之，人为法者，部分的，一时的，当然的也，宗教道德法律皆属之。……若夫礼拜耶和华，臣殉君，妻殉夫，早婚有罚，此等人为之法，皆只行之一国土一时期，决非普遍永久必然者。人类将来之进化，应随今日方始萌芽之科学，日渐发达，改正一切人为法则，使与自然法则有同等之效力，然后宇宙人生，真正契合。此非吾人最大最终之目的乎？或谓宇宙人生之秘密，非科学所可解，决疑释忧，厥惟宗教。余则以为科学之进步，前途尚远。吾人未可以今日之科学自画，谓为终难决疑。反之，宗教之能使人解脱者，余则以为必先自欺，始克自解，非真解也。真能决疑，厥惟科学。故余主张以科学代宗教，开拓吾人真实之信仰，虽缓终达。若迷信宗教以求解脱，直“欲速不达”而已！[2]
不难看出，陈独秀将基督教的耶和华即上帝的崇拜，看作“决非普遍必然者”，是可以改正的“人为法则”。虽然他在《基督教与中国人》等文章中公开赞美过基督教及其在人类历史文化中的重要作用，但是，他所赞叹的是耶稣的伟大人格与精神，而不是耶和华上帝的伟大。他明确地指出：
基督教底“创世说”、“三位一体说”和各种灵异，大半是古代的传说、附会，已经被历史学和科学破坏了，我们应该抛弃旧信仰，另寻新信仰。新信仰是什么?就是耶稣崇高的、伟大的人格和热烈的、深厚的情感。[3]
对于当时的中国宗教界来说，陈独秀虽然以科学批评宗教，但是他并不完全排除宗教存在的合理性。正如陈独秀自己所说：
