北平商民协会与北平商界上层的第二次冲突，因瑞蚨祥等商号反对商民协会成立店员公会而起。
在与总商会因征收五个月铺捐争论的同时，商民协会紧锣密鼓地开始健全组织。原来商民协会只有总的机构，没有下属分支机构，而按照1928年7月19日国民党中常会第157次会议通过的《商民协会组织条例》，商民协会应下设商人、店员、摊贩三个总会，其代表大会的代表总额为12～120人，三总会代表比例为5∶4∶3。[46]商民协会已估计到店员总会因涉及与店主的关系，恐不易组织，但也在积极推进，并已在瑞蚨祥等商号组织了分会，计划在旧历年内（1929年2月9日前）组织成立总会。[47]
商民协会组织店员公会的消息使商店店主极为不安，他们纷纷要求市政府和北平政治分会禁止店员公会的成立。北平地方当局又一次倒向了商人方面，市政府社会局致函市党部民训会，称正值训政时期，店员应否成立团体，请加以慎重考虑。民训会复函解释了成立店员公会的依据和意义。社会局于1929年1月23日将民训会复函抄送瑞蚨祥密阅，民训会得知后，深为不满，认为社会局不无勾结奸商破坏民众团体之嫌，于24日致函市政府，请其查究，并将这一情况呈报中央。[48]
北平政治分会对市党部主导成立店员公会也极为不满，但它只有监督地方政府之责，地方党部与它没有隶属关系，遂于1月21日向国民政府请示处置方针，声称，“查平津各商，以鉴于前年武汉店员工会之横暴，谈虎色变，忽闻平津发生此项组织，纷纷来会陈请禁止，本会查省党务指导委员会服务规则第三条第一项所载云，中央未颁布民众训练具体方案以前，关于民众运动，须经中央之许可，此次店员工会，应否设立，自不能不请示中央”。政治分会此电故意将“店员公会”写成“店员工会”，虽仅一字之差，含义却大不一样，因为组织店员公会是国民党中央民训会颁布的《商民协会组织条例》明文规定的，政府自无阻止它成立的理由。而将店员公会纳入工会系统，国民政府自可以借口工会法规尚未颁布而禁止它成立。国民政府当然知道北平政治分会此电中的“工会”并不是无心之误，在23日的复电（漾电）中也就顺水推舟地给店员公会画上了休止符：“查工会法规，尚待审查，店员工会既多流弊，应暂饬禁止成立，免滋纠纷。”[49]
市党部及商民协会则不理会国民政府禁止成立的命令，辩称店员公会系依据《商民协会组织条例》组织，国民政府系将“店员公会”误为“店员工会”，所以还要照旧成立。在禁止声中，店员公会下属的五个区分会已次第成立。[50]
接到国民政府的命令后，市政府决定予以执行。何其巩向公安局发布手谕，称“查本市店员公会，现已逐渐成立，据报颇多轶出法律范围，难保无不良分子乘机阑入，滋生流弊。应由当局依照党义，随时分别矫正制止。倘有违犯警章及现行刑法者，并应依法惩办，以遏乱萌”。并发布《处理店员公会应行注意事项》，将中央党部颁布的《民众团体组织原则及系统》《民族主义训练纲要》《商民协会组织条例》中主张阶级调和、反对阶级斗争的内容抽出来，作为北平市制止店员公会成立的所谓“党义”依据。[51]于是，在北平出现了这样一种奇特的现象：行政当局反对党部及其领导的民众团体，其依据竟与党部及其领导的民众团体一样，均是国民党中央颁布的条例。不过对于这种政府命令与党部指示互相“打架”的难堪现象，市政府在制止店员公会时也颇感为难。在市政府有所踌躇之际，商人已看出北平行政当局其实是在为自己撑腰，开始大胆地阻止店员公会的成立，首先发难的是瑞蚨祥商号。
