虽然制度扩散带来新的思想观念，但新思想要作用于制度变迁，必须依靠行动者通过政治程序进行制度转化。美式公共卫生的扩散及其在北京的试验，形成一套具有指导作用的认知范式和规范框架，培养了专业的行动者，但是，这些对制度变迁来讲并无决定性作用，有关内容仍停留在认知层面，对制度本身尚未发生实质影响。只有当决策者们，也就是政府部门的政策和程序制定者，接受扩散而来的新思想，并将其传播到决策场合，进而改造既有地方性制度，才能称之为制度转化。当接受公共卫生新思想的专业人士担任决策者后，就开启了制度转化过程，但并非一蹴而就，而是经历了顶层设计与向下扩散的复杂过程。首先，接受新思想的行动者成为决策者，领导进行了组织的变革，使之成为具有工具理性的科层组织。作为基于公共卫生新思想而成立的新组织，卫生局在成型的过程中需要解决好内、外两种关系：内部需处理好其作为技术性组织与官僚机构的内在矛盾，外部需处理好与其他组织之间的利益关系。其次，在向下扩散的过程中，制度转化受制于已有制度环境，只能在已有组织网络内部谋求改变，采取选择性策略，择要举办公共卫生事务。
1928年8月，北平特别市政府组设卫生局，统一管理此前由京师警察厅和京都市政公所两机关分别负责的卫生事项。最初，由内城官医院院长陈祀邦代理局长。9月，由曾任市办公共卫生事务所卫生科主任黄子方担任局长。黄子方在10个月的任职期间，按照现代公共卫生的观念完成了组织和规则层面的制度转化，确定了卫生局的基本组织原则和规范。此后近10年的时间内，北平卫生局更换了4任局长[40]，除任职两个月的赵以宽是军人外，其余三人均具有现代医学教育背景。[41]这表明具有制度转化权力的决策者基本都是接受公共卫生新思想的人士，使新思想可能实质性而非象征性地转化到组织实践中。
这些接受公共卫生新思想的决策者引导了组织的演变：在既有制度基础上实现科层组织的专业化。我们可从以下两方面分析：一是专业人士掌握领导决策权力，促使公共卫生的科层组织从警察机构独立出来，成为与之平级的行政组织；一是科层组织内部注重工具理性，培养专业基层工作人员，注意制度内部监督机制及实施细则等程序性问题。公共卫生组织的独立并非一帆风顺，1928年始设的公共卫生组织——卫生局——一直处于变动中，难以保持稳定状态，直到6年后才固定下来。这表明组织的演化是制度转化的重要内容。
按照新思想设立的组织具有现代民族国家治理的特点。公共卫生制度诞生于前近代的西方社会，是现代民族国家反思性控制的手段之一。[42]作为现代社会主要的控制方式，反思性控制的基本手段是各种各样的现代科学知识。这些知识是现代统治者监控被统治者的重要手段，同时也是统治者自身实行自我监控、自我调整的基础。但是，清末民初之际的中国，没有全面建立起文字、档案、书写等理性知识基础上的控制，缺乏执行反思性控制的基本条件，更多的控制办法还是来自于直接的街头暴力控制。例如，在食品卫生管理中，对食品生产者、售卖者无法进行登记、细菌检验和质量监控，只能依靠卫生稽查或警察在街头偶尔拘留摊贩、没收售卖物的方式进行管理。公共卫生需要技术化程序和手段，需要专家指导日常工作，收集信息、知识，并紧跟医学技术的发展，对各种信息进行归纳，提出多个可行的决策方案以及论证，等等。因此，卫生局是兼具官僚管理和专业技术性的组织。
