值得注意的是，吴文藻的方案，实际上既替少数民族的文化发展和切身利益考虑，也并不讳言在少数民族地区同时开展汉文化教育（他称之为“汉化教育”）的必然性和必要性（与人类学家杨成志等相似）。他认为国内“民族文化的发展，既以建立一个民族国家为职志，则关于边疆各族文化的振兴，必以实行发展教育为入手办法”。而在“经济文化比较落后的弱小民族地区”兴办教育事业，“应以各该地方的土著人民谋幸福为原则”。特别应该认清边疆民族地方对中央的关系，“不是殖民地的关系，不是藩属的关系，亦不是如欧美人或日本人所说保护国和宗主权的关系，而是整个中华民族或一个中华民国地方与中央的关系。因此，我们所要提倡的边疆教育，也就不是日本人对于……东三省以及沦陷区内诸同胞的奴化教育，亦不是欧美人所讲的殖民地教育，而应是中国文化与土著文化双方并重同时并行的边地义务教育”。这里，吴文藻所用的“中国文化”一词与“土著文化”相对，显然有欠推敲、并不妥当，他实际上指称的乃是汉文化。因此，他提倡应在当时边疆少数民族经济文化落后地区开展的“边疆教育”，就是汉文化与少数民族文化并行并重的教育，用他的话来说也即是“汉化教育”与“土著教育”并存发展的“双重教育”。在本文里，吴文藻重点说明了为什么要格外重视“土著教育”的理由，其中最重要的理由就在于：“正当完善的教育，必以适应实际生活环境为目标”，“须以其固有的社会文化之背景为依据”。即便是在汉化教育程度较高的区域，依赖少数民族家庭和其他特有基层社会组织的那种“经验教育的力量还是活泼地发生作用”。因此，在他看来，“欲同时推行汉化教育”，也“必须使之与各该民族的生活，密切配合，并努力发见各该民族的特性，使之与汉族的个性，沟通相成，而互相地发扬光大起来。反是，汉化教育，若与原有生活背景，完全脱节，则部落团结力的瓦解必然更快，文化绵续性的中断必然更速”。所以他强调：“为顾全双方利益计，在汉化与土化教育之间，必须力求协和融洽，作有意识的指导，谋有计划的调适，务使二者同时并进，相成不悖。如是可以减少土著个人心灵中可能的冲突，避免部落社区整体顿形纷乱的局面。而调适的焦点，即在尊重土著民族的价值观念。各民族有其一己的文化重心，例如宗教信仰，风俗习尚，务须同时加以相当注重。”[47]
如果我们将《论边疆教育》与1927年吴文藻《民族与国家》中的有关思想相比较，他除了继承发展了那种反对“一民族建立一国家”的思想，将中国国内的各民族明确概括为不可分割的“政治一体”之外，还尝试着提出了保持发展国内各民族“多元文化”格局的同时，在那些文化相对落后的少数民族地区同时需要实行一定程度的“汉化教育”的不可避免性。用他的原话来说就是：“汉化教育之增添，乃文化接触过程中必不可免的一部分。汉化教育的结果，可以提高土人原有的生活程度，使之超于一般水准之上，刺激其在经济上、政治上，及文化上的需要。”[48]这应当说比其学生费孝通一个多月后在与顾颉刚的讨论中，只是简单僵硬地认定“谋政治的统一者在文化、语言、体质求混一”既不必要也“徒劳无功”，还是要略微高明一些，因为在各民族之间，势必需要存在一种起共同沟通作用的“commonlanguage”（族际共通语）。
三年后的1942年，吴文藻在《边政学发凡》一文里，对他此文的有关思想又有进一步的表达。他写道：
