这一次诸侯逼宫以失败告终。除了王恭败亡以外，最觉窝心的就是殷仲堪。
上一次迟迟不发兵，结果王恭战胜。所有人都捞到了好外，连帐下大将诸如桓玄等都升职为州刺史，唯独殷仲堪自己没得到任何利益不说，反倒被诸侯们指责进攻不力；
这一次积极发兵，全力配合，一路凯歌高奏，眼看建康石头城遥遥在望了，没想到王恭本人却打了败仗，殷仲堪和各路诸侯们一样抱头鼠窜逃回荆州。
第一次进攻不力，把诸侯们得罪光了；第二次进攻太猛，又把司马道子父子得罪透了。殷仲堪两番出人、出钱、出力，结果都弄得两头不是人，郁闷之情可想而知。他索性就窝在荆州，不再理朝廷之事。
然而，殷仲堪不理会朝廷，朝廷可不能不理会他。他在荆州，终归是对司马道子、元显的威胁。于是，司马元显利用殷仲堪、杨佺期与桓玄的微妙关系而刻意挑拨，使得殷、杨、桓三人如同魏朝的曹、孙、刘三家一般，整日斗来斗去的内耗，根本无暇东顾。
这便是司马道子、司马元显最乐意看到的结果。
怎料到，殷仲堪这位在仕途多年的相、杨佺期这位在军旅多年的将，竟然全然不是桓玄的对手。一将一相的领地不出数月就被桓玄吞并。桓玄以其强大的势力，逼着司马元显承认自己为都督荆、江、广三州的刺史。
司马元显这时正被东面的孙恩搅得焦头烂额，为稳定桓玄，只能被迫将三州划拨到桓玄治下。
桓玄名义上只是督三州而已，然而这三州却是大晋国版图最大、人口最多、兵多将广的三州。三州合计占全国三分之二版图。大晋国虽然是皇帝的大晋国，但实质上，几乎成了桓玄的大晋国。
孙恩之乱平定之后，司马道子、元显父子认为终于可以腾出手来解决西部的问题。于是，司马元显请命朝廷，自任征讨桓玄之元帅，以刘牢之为先锋都督、征西将军，领江州事，率部属迎敌。
