其实职能转变的提出大约别有一番苦衷，前面谈到，在全社会声讨基础教育领域的片面追求升学率的潮流中，教研室每每被视为具体责任承担者。而事实上，取消教研室又几乎是不可能的。提出“职能转变”，可以看做是这种两难处境中的一种对策。然而，在这样的口号下，对于教研室传统职能和现有工作方式的讨伐也就箭在弦上。
为了否定某种现象，往往会肯定另外一些现象。在对于教研室现有工作方式批评否定、教研室地位式微的同时，就目前而言，是对教育科学研究的赞扬和肯定，以及近年来基础教育领域教育科研的日益强势。尤其是在一些城市学校中，基本是学校个个有课题，教师人人写论文，鲜花着锦，烈火烹油，一派轰轰烈烈热闹景象。开题、结题、鉴定、评奖，这些原来在大学和科研机构里面常用的词汇，如今已经成为中小学校长和教师们的常用术语。这其中隐含着的选择、判断和价值观耐人寻味：教研室的职能转变，就是将现有的工作方式及其传统，尽可能向教育科学研究的范式转变。实际上，主张教研工作应当增加科学研究色彩的主张，已经广为传播。一些地区的教研室也进行了尝试，大力提倡以课题研究的形式组织教研活动。与此相关，教研工作应当提高科学研究水平，教研员应当提高理论素养，增强科学研究意识，等等，类似呼声近年来不绝于耳。
仔细来分析，教研室、教研员，都有个“研”字在里面。毕竟，教研的性质决定了它在完成自身所承担的各种任务时，当然地含有“研究”的成分。但事情的复杂在于，在中国，“研”字号的还有与三级教研制度并列存在的教育科学研究机构，并且一般也是从省（自治区、直辖市）到县（市），这些年来许多学校也成立了专门的教科室。虽然大家都有一个“研”字，但此“研”非彼“研”，其实大不相同，有点像民航局与航天局，虽然都有一个“航”字，都与头顶的天空打交道，可是工作范围楚河汉界互不干扰，民航局操心的是客运、货运，航天局琢磨的是登月、建太空站，相通之处肯定有的，但定位不同，使命也就不同。若进一步考察，会发现教研与科研之间的关系大有门道：目前许多地方的教研室不仅已经与教科所并列在同一牌子之下，在人员上也有“混编”趋势。是不是该为此称颂？值得思考。
1.唇枪舌剑
至迟在世纪之交，正式或者非正式的有关教研与科研关系的争论已经浮出水面。虽然不能说是剑拔弩张，但双方观点中冲突的激烈程度显而易见。
一方强调的是二者各自的特殊性：
“新中国成立初期，学习苏联经验，结合中国实际，在高等学校建立了教学研究室，作为学校教学和科研的基层组织；在中、小学校和部分小学，按学科分别设置教学研究组，简称教研组，教研组的主要职能是组织教师学习党的教育方针和政策，研究教学大纲、教材和教法，钻研教学理论和专业知识，以及总结交流教学经验，帮助新教师提高业务能力等；在省、地、县三级教育系统设有教学研究室，主要负责本地区一部分教学管理，以及学科教学研究与指导工作。”“20世纪50年代中期以后，我国开始建立专门从事教育科学研究的机构，其中一些省级教育科学研究机构与省级教学研究机构为一套人员、两块牌子。这类机构除了开展教研工作以外，还要开展以面向本地区为主的应用方面的教育科学研究。可见，我国的教研机构和教育科学研究机构一直是并存的、工作各有侧重的两套机构。”[18]
另一方则认为二者之间的界限似无必要：
