第二，以取消“小升初”为代表的考试改革，削弱了教研室的权力和威望。由于素质教育对考试的讨伐，基础教育阶段各考试的地位光环不再，且逐渐弱化。首当其冲的是“小升初”考试在全国的取消，改为就近入学，随后是“中考”的权力的逐级下放，等等。随着各种考试的取消或者淡化，掌握这些考试生杀大权的教研系统，自然也就威风不再。
第三，“新课改”中一系列口号和举措的提出，挑战着教研室的“道统”。2001开始的新一轮基础教育课程改革，声势浩大，影响深远，至今众说纷纭。作为改革主要指导思想的《基础教育课程改革纲要》，在改革的具体目标上，提出了著名的六个改变：
“改变课程过于注重知识传授的倾向，强调形成积极主动的学习态度，使获得基础知识与基本技能的过程同时成为学会学习和形成正确价值观的过程。
改变课程结构过于强调学科本位、科目过多和缺乏整合的现状，整体设置九年一贯的课程门类和课时比例，并设置综合课程，以适应不同地区和学生发展的需求，体现课程结构的均衡性、综合性和选择性。
改变课程内容‘难、繁、偏、旧’和过于注重书本知识的现状，加强课程内容与学生生活以及现代社会和科技发展的联系，关注学生的学习兴趣和经验，精选终身学习必备的基础知识和技能。
改变课程实施过于强调接受学习、死记硬背、机械训练的现状，倡导学生主动参与、乐于探究、勤于动手，培养学生搜集和处理信息的能力、获取新知识的能力、分析和解决问题的能力以及交流与合作的能力。
改变课程评价过分强调甄别与选拔的功能，发挥评价促进学生发展、教师提高和改进教学实践的功能。
改变课程管理过于集中的状况，实行国家、地方、学校三级课程管理，增强课程对地方、学校及学生的适应性。”[9]
显而易见，以三级教研组织长久以来形成的传统衡量，上述六个改革目标颇具颠覆性，全盘冲击着一直以来各级教研组织的工作任务和内容。很自然地，在课程改革初期，教研室处境尴尬，相当数量的教研员心情郁闷。背负着“追求升学率”罪魁祸首之名，批评指责不绝于耳，面对雷霆万钧、几乎全盘否定自身传统的改革风云，烦恼可想而知。然而，事态发展却出人意料，随着课程改革的推进，教研室的处境出现了微妙的改善。
当然，处境的改善离不开教研室自身的努力。事实上，各级教研室都主动采取了在课程改革中“重塑形象”的尝试。
2003年，北京市基础教育研究中心承办的“‘全国教研创新研讨会’于4月15—18日在北京校长大厦召开。”来自全国15个省市的教育行政部门、大学课程中心、教研部门、教科研部门和中小学校长共300人参加了会议。在会上，市教委李观政副主任向大会致辞；教育部基础教育司司长朱慕菊做了题为《新课程与教学研究工作思路创新》的报告；上海教科院顾泠沅教授做了《新课程与教学研究工作方式的创新》的报告。与会者就教研工作创新、学科教研创新和新时期教研员素质三个专题，分成三个会场进行了研讨和交流。由此掀起有关教学研究工作的大讨论，推动了全国教育各部门对教学研究工作的深层次思考。”[10]
这个会议可以算作是“标志性”事件，影响深远。
