在教育部的两个文件中均具体地提到教研室的人员配备和培养问题，可以想见对于教研室这样“自下而上”的组织是多么大的鼓舞。事实上在这一时期，各地的教研制度都产生了丰富的成果。以北京市教研室为例，后来对于中小学日常教学产生重大影响的标志性成果——即1995年印发的“三个文件”：《北京市进一步加强和改进中小学学科教学的意见》《北京市中小学学科教学常规（试行）》《北京市中小学学科课堂教学评价方案（试行）》，就是在这一时期开始孕育和基本形成的。[8]
此时，整个教研系统“威风八面”。
2.暗流涌动
任何事物的成熟，都会从正反两个方面表现出来，教研室也不会例外。在提高基础教育质量方面的作用得到普遍肯定，成为教育界“强势”部门的同时，很自然地，教研系统也暴露出本身的局限与弱点，开始引起人们的关注与担忧，尤其是各级教研组织与考试、分数扯不断的纠结，也就与已经成为教育乃至与整个社会的焦点的升学竞争、学生负担和压力、个性发展的扭曲等难解难分，受到人们的批评和责难几乎不可避免。
客观地说，自从邓小平同志提出恢复高等教育入学考试制度以来，所有这些问题就已经埋下了“伏笔”，恢复高考对中国改革开放的意义不用多说，但人们有时的确忘记了，恢复高考并不是一件没有任何代价的事情。在满足中国社会现代化对于人才需求的同时，以中国社会的文化传统和今日条件，上述种种问题的产生同样是不可避免的，是必须长期付出的代价。
面对这些问题时，采用什么样的应对方式，做出什么样的抉择，是对于教研室的严肃的考验。一些教研室和个别教研员的做法，令广大教师不以为然，也将教研室推向前台，开始进入人们对基础教育种种现实问题反思的框架之中，接受人们的分析和考量。对于教研室的种种批评、责难此时已经显露端倪。
三、调整与“茫然”（20世纪90年代末期至今）
20世纪90年代以来，随着义务教育的基本普及、高校扩招、随之而来的高中教育规模迅速增长、课程改革等一系列事件的出现，随着基础教育的演变，教研室也进入了一个新的阶段。
这一时期基础教育中最为引人注目的现象就是，由国家主导的各种改革措施频繁出台，且密度、深度空前。这种现象有着复杂深厚的社会基础，至少包括了：改革开放带来的整个社会生活的温饱与稳定，使得人们终于有暇给予教育较多关注；独生子女政策的延续改变了多数中国家庭的结构，极大刺激了父母对于子女教育的期望；读书做官的悠久历史传统在社会现实中的根基；悬殊的城乡和地域差别导致人们对学历文凭的狂热追求等；以及所有这些投射到中小学后导致的种种扭曲畸形的教育弊病，简言之，我国基础教育发展相对落后与人民群众对于优质教育的强大需求形成了尖锐矛盾。解决矛盾必然是一个长久的过程，具体途径无非是改革与发展。
在这样的大背景之中，教研室实际身处漩涡中心，种种新观念、新措施，在付诸实施之时，却每每对教研室既有的传统形成强烈的冲击，甚或将其逼至两难境地。
第一，“素质教育”口号的提出，动摇了教研组织安身立命的所在。围绕“素质教育”口号的讨论，学界已有诸多讨论。无论站在哪种立场，人们恐怕都得承认，这一口号对于以追求教学质量为根本的教研系统来说，造成了实质性的困扰，引起了思想上的混乱。在先后几年的访谈活动中，不只一位教研员提到教育部某高层领导曾经明确指责：“教研室是追求升学率的罪魁祸首。”将“片面追求升学率”的起因归结为教研室，显然是把这个有深厚基础的社会现象简单化了，而且也过分夸大了教研室的力量。无论如何，“素质教育”口号的提出，的确对于教研室的发展有负面影响。
