一个更为重要的变化发生在21世纪之初的课程改革开始后。2003年，海淀区作为北京首先参加全国基础教育改革的实验区，由于课程设置和教学进度与尚未进入改革的其他县（区）不同，已经无法按照北京市的标准组织中考，于是，海淀区的中考则由北京市考试院（1996年，由原来的高招办、中招办、成招办、自考办等单位合并成立）负责。随着课程改革规模的不断扩大，北京市各个县（区）陆续进入国家课程改革，于是每年都有不同的县（区）在中考时脱离北京市教研室的控制，进入北京市考试中心（院）。目前，事实上成为由北京市考试院为各个县（区）命题。具体的做法是，由市考试院组织人员构成命题班子，当然，市、县（区）教研员仍然会作为主要成员参与其中，也就是说，出题和阅卷的主力军还是教研员这支队伍。可以看出，在这个过程中，教研室在中考上的权力萎缩了。
考试院负责中考，不仅是削弱了教研室的权力，更重要的是，对于教研室指导教学造成了威胁——没有决定考的权力，对于如何教难免惶惑，所谓没有指挥棒就是这个意思。据称，目前考试院和县（区）正在对中考进行协商，争取权力“回归”，不过仍未尘埃落定。
2.欲说还休
既然利害超过“小升初”，中考改革自然分外牵动人心。可以设想，中考改革的得失成败会引来较“小升初”更为强烈的社会反响，触动各个社会层面更为敏感的神经。
中考改革起步比较晚，一段时期内的变化只是在权力的转换。开始大张旗鼓地改革，是在20世纪末由教育部发起，基本与新课改同步，指导思想是，“新课程中考作为义务教育阶段的终结性考试与评价制度，最根本的就是要改变‘以升学考试科目分数简单相加作为唯一录取标准的做法’，丰富人才评价标准，合理淡化考试竞争，有效促进学生的全面发展。其目的就是要为全面实施素质教育提供制度保障，促进义务教育均衡发展，切实减轻学生负担，推进课程改革，落实以人为本的科学发展观。”目前，可以说改革过程基本完成，“2008年6月，全国几乎所有地区都进行了新课程中考。这标志着中考改革已经进入全面推广阶段。”[34]
简单回溯，改革的主要过程如下：1998年4月，在江苏省苏州市、湖北省荆门市等7个地区启动中考语文考试命题改革，1999年4月，在上述基础上提出改革的指导思想，“改革的重点是，各科命题要注重考查学生运用知识分析问题、解决问题的能力，要有利于发挥学生的创造性；要符合学科特点；提高命题的科学性。要严格考试管理。”[35]
2003年，教育部组织“由高校专家、教研员组成的全国中考评价课题组，在各地自评的基础上，连续6年对全国各地的中考命题和组织工作进行评价，提出中考命题、审题、阅卷及评价的建议。连续4年组织专家对各地中考命题人员进行培训”。2002年12月，经国务院同意，教育部颁布了《关于积极推进中小学评价与考试制度改革的通知》（教基[2002]26号），提出要建立以促进学生发展为目标的评价体系，明确了评价内容和方法。要求中考命题“必须依据国家课程标准，杜绝设置偏题、怪题，要采用形式多样的考试方式，使学生在考试中有展示特长和潜能的机会”。
改革的具体措施：“初中升高中的招生录取中，要综合考虑学生的整体素质和个体差异，改变以升学考试科目分数简单相加作为唯一录取标准的做法，除考试成绩以外，可试行参考学生成长记录等综合评价进行录取。积极探索建立招生名额分配、优秀学生公开推荐等制度。”[36]
