好不容易熬得布政使的实缺，踌躇满志地赶赴湖南上任的郑孝胥，抵达任所长沙才刚刚三天，就接到湖广总督瑞澂的密电，因为内阁要重新厘定外省官制，请各省派员到京，以备咨询，瑞澂希望郑孝胥代表其前往应对。郑孝胥复电表示宜抱定前奏“中央集权，各省分权，边省全权”的政策，专委李宣龚一行即可。在瑞澂的坚持之下，郑孝胥只得勉强答应北上。他于闰六月廿五日（8月19日）启程，廿七日抵达汉口时，四川反对铁路国有的风潮渐起，“渡江谒莘帅，示川路诸电。王人文附和川人，抗拒国有之举，赵尔丰为之代奏。川人益横，欲逐李稷勋。莘帅与午帅会奏：请饬川督懔遵前旨。而廷旨甚怯，实不担责任也。莘帅奏饬李稷勋勿停路工，而令宜昌禁开会、止暴动，乃渐定。”[4]
让郑孝胥始料不及的是，这些波澜只不过是川路风潮惊涛骇浪的前奏。作为铁路督办大臣奉命带队入川的端方拟请郑孝胥为川汉、粤汉铁路总参赞，郑孝胥则希望端方用其献策，而不必加以参赞之名。到京后，郑孝胥继续与载泽、盛宣怀等人谈统一国库及理财行政分科之法，商议对付四川抗路的办法，积极出谋献策。盛宣怀对郑孝胥表示：“北京少公不得，湖南想可不往。”（1340）而奉旨督川的端方也力邀郑一同入蜀。郑孝胥虽然推辞，却献计“蜀事似宜严拿罢市罢课之主动者，俟平静后，从宽办结”。（1342）
郑孝胥不愿入蜀，当然是不想趟此浑水，而托词一方面是认为外官制关系全局，愿竭其所见，终始其事，另一方面，觉得蜀本无乱，不必劳师动众。可是此时蜀乱已成，郑孝胥听来访的赵熙言邓孝可、蒲殿俊等人被拘，求其缓解，遂致电端方，告以川路诸人各有隐情，似宜保全，以为转圜之地。而端方却内心方寸大乱，畏缩不前。郑孝胥心知不妙，致函盛宣怀：“窃见午帅内怀疑怯，智勇并竭，如强遣之，必至误事。请公切言于中枢，日内须速另筹办法，万勿大意。乱本易了，措置失宜，或酿巨祸。王、赵已误于前，政府复误于后，则蜀事败矣。”（1344）这一次郑孝胥倒是不幸而言中。当日清廷加派岑春煊赴川，郑孝胥又和盛宣怀商议办法，电告岑“宜乘商轮直赴宜昌，换轮入重庆。派兵直修电线，通至成都，一面用告白解散乱党。不过一月，乱可定矣。”（1344-1345）
后来局势的变化发展再次出乎郑孝胥的意料。八月廿日（10月11日），湖北兵变的消息传到北京。次日，郑孝胥为载泽筹划应对之策，“请言四事：第一，以兵舰速攻武昌；第二，保护京汉铁路；第三，前敌权宜归一；第四，河南速饬戒严；更请暂缓秋操。”（1349）这时北京已是风声鹤唳，次日传言长沙失守，南京焚督署，芜湖乱作，虽系谣言，却是空穴来风，事出有因。京师内外城实行戒严，大清银行提取现银者数万人，市中不用大清钞票，金价每两五十余换，米价每石二十元，银圆每元值银八两余。此外讹言廿八有变，居民纷纷出京，以致车船不能容。郑孝胥还想力挽狂澜于既倒，为各方出谋划策，如让湖北方面“设法购线，招回汉阳四十一标附匪之营，悬赏十万元，保全兵工厂、铁厂”；拟稿请发上谕，“赦从匪之学生、兵士及许匪首以悔罪自投，侍其抗拒乃击之”。盛宣怀断言：郑孝胥“必不归湖南”。（1350）
八月廿八日（10月19日），郑孝胥还自嘲“以实缺布政使作舍饭寺住持”，次日，获悉湖南有异动的清廷便下旨令郑孝胥迅速回任。可是郑未及动身，长沙已经真的失守。盛宣怀闻讯，“意绪颇仓皇”。九月初五（10月26日），郑孝胥从天津乘轮船南下。面对种种关于湖南变生不测的传闻纷至沓来，眼看无力回天的郑孝胥于次日船上在日记中写下一段关于家国命运痛心疾首的感言：
