十月初一（11月21日），恽毓鼎闻知资政院建言剪发改历，大为不满，“当此分崩离析之秋，救亡不暇，忽为此大改革，惑民观听，愚氓误以为国家已亡，必生变动，是无故而搅之也。议员见识若此，何值一钱？亡国三妖：一东洋留学生，一新军，一资政院谘议局。三妖之中，尤以第一种为诸魔之母。毓鼎闻中官言，孝钦显皇后大渐时，忽叹曰：‘不当允彼等立宪。’少顷又曰：‘误矣！毕竟不当立宪。’是则侈言维新之足以亡国，圣母盖悟而深悔之矣。不料监国初政更扬其波也。”（561）
为了挽救大清王朝，已经不在其位的恽毓鼎积极奔走，和京师的志同道合者联络筹划，先是参与冯国璋等人的聚会，考求保安畿辅之策，提出“欲靖土匪及乱党煽诱，非镇以兵力不可，而欲定人心，非解散谘议局、封禁报馆不可”。（567）继而又与各省志存皇室者组织同志联合会，公举冯国璋为会长，恽毓鼎被举为干事员、起草员，以各种名义上书发电，反对上海和议，指责唐绍仪通敌卖国，要求排斥鼓吹共和的南方各报，并谒见袁世凯，面递陈情书，力陈和议万不可恃，宜急筹战备，又游说亲贵，反对让位，可惜均无法逆转大势所趋。
恽毓鼎等人对于清朝当政的施为不无怨言，尤其是对亲贵的自私贪鄙、萎靡不振大失所望，并且早就隐隐察觉清朝气数已尽，12月底，闻知清廷下诏速集国会征求政体意见，恽毓鼎就认为：“以大势观之，满洲亡矣。不意年甫五十，将见此事，悲愤久之。继思数年中亲贵乱国，论天道，论人心，均应遭此祸。所痛惜者，祖宗二百七十年基业，我景皇三十四年忧勤惕厉耳。”其时天人感应，京师屡现异象，如“京西潭柘有樟树，每一帝将嗣位，先期必生出一枝，正枝遂枯，历历不爽，相传呼为帝王树。同治末年，忽旁出一枝，景皇遂以皇弟入承大统。光绪末年，其侧又出一小枝，而今上缵绪。今年老根旁突出一枝，与新枝不相附属，闻者骇异”。（567）而占星家发现天相有异，自月之初一日，帝星不见，凡四十余日始复见，而摇动无光。（564）加之又有陨星飞落。恽毓鼎感叹“何天变之多也”之余，认为“天文五行之学，未可全指为无稽”。（573）
恽毓鼎明知不可为而为之，并非简单地用愚忠、顽固可以解释。他的确反对革命、共和，希望维系帝制，面对清廷君臣亲贵毫无斗志，慨叹“吾辈徒具此一副忠肝血胆，其奈之何！”（568）之所以“明知无益，而奔走呼号，聊尽吾辈之心而已”。正如同志联合会另一位干事员所说：“吾之欲以身殉，固非殉皇上，亦非殉清朝，殉吾平素所抱君主之志而已。此即匹夫不可夺志也。”（571）十月二十二日（12月12日），恽毓鼎深知革军志在倾覆大清，愈是被迫改革政治，愈是束手待亡。“大清固已矣，我四万万之汉种又何辜？”（564）后来他与同人细究组织同志会的前后痕迹，恍然大悟“百日中惨淡经营，皆为受禅台预备材料耳”，（571）但仍然继续密谋日记亦不能记录的极重大之事，分别会见外国公使，争取扶持中国君主。直到十二月初十（1912年1月28日），同志会再度集会，“知大势已去，无可挽回，痛恨欲哭”，虽然还有人登台演说帝国共和政体，恽毓鼎已经心灰意冷，“不能再坐，惘惘而出”，“悲愤交迫，几不聊生”。（573）亲友劝其自解自遣，“时事至此，无可挽回。王室虽存，而环顾皇族，无一人足语济世安民者，吾侪将安托乎？”（574）最终还是落实到自己的安身立命。
