司法进步不能仅仅取决于朱峙三个人的自觉作用，新政权在短期内还进行了制度性变革。4月中旬，黄安成立临时参议会。5月下旬，开始筹备司法独立事宜，“署右之典史署已照审判厅例，修补改造为高柜台式样”。（301）并将司法行政卷宗分别。6月，司法厅成立，黄安初级审检厅接管司法事务，县署的行政事务相应减少。7月，各县书记官制度确定改为秘书。根据内务、财政两司改定各县经费表，黄安为中县，知事薪俸240串，书记60串，职员伙食公算，每天160文，特别小县每月行政费800串以内。到11月初，朱峙三记道：“此半月司法有地检厅，行政事减少。立法事大，三权分立之基，基于此矣。”（325）在县政府的主持下，黄安还用了半年左右的时间于辖内各区筹备和实施了众议院选举事宜，并且加紧筹办正式上级下级自治局，限期20余日完成。
不过，朱峙三对于这样的变革似乎没有感到太多的欣喜，该县临时参议会举出的正副议长分别为前清的举人秀才，与地方各种势力盘根错节，尤其正议长为人糊涂，因为想要通过知事安插私人被拒，与知事结怨，在议会散布蜚语，并借故控告到省，力图排挤而去。而黄安绅商学各界则设法挽留，形成知事怕议会，议会怕地方各界与之为难的连环套。正如其父所谓“知事难做，各县绅权太重，卑劣者参入议会，贤者难安其位”。（322）一些官绅甚至摇身变成党派首领。由于议会的控告及在省同乡的倾轧，本来还想有所作为的知事自知位置难保，心灰意冷，甩手不干，一应政务均由朱峙三代理。县署职员的行事，再现前清衙门的人情冷暖和世态炎凉，令朱峙三看得既生气且慨叹。而新设地检厅官员为法政学堂毕业初次做官的学生，不熟司法和人情世故，所批判每为士绅讽刺，拖延甚久，不能结案。于是朱峙三慨叹“司法独立，于人民添讼累而已”。（316-317）[8]
朱峙三因县知事被排挤去职，改换新人，又风闻文官法没有书记官一职，加之病体尚未彻底复元，公事劳顿，萌生去意。只是因为亲友们都不赞成其去政界谋学界的打算，才勉强维持。到了11月下旬，众议院初选投票结束。临近阳历新年，为了表示革新庆祝，朱峙三主张贴新联，并且亲自撰写两联：“正朔初颁，看五色旌旗，民国重增新气象。舆情上达，对双泉明镜，高深不似旧堂廉。”“数声啼鸟送春来，欣逢黍谷阳回，居陋廨芜斋，官吏廉如双鉴水。一国政纲随途转，窃愿邾城多士，趁棚中彪炳，文明高挹五云山。”（333）这既是朱峙三本人的心境写照，又是他对共和新时代的殷切期望。
朱峙三虽然倾向革命，赞成共和，却没有政治正确的偏见。他认为黄兴倡导的国民捐害人不浅，而彭楚藩烈士之父当街掌掴审检厅官员，为无理取闹，不识时务。省上发交该县旗人200名安置，也能适得其所，没有卖做婢女者。虽然大张旗鼓地过了新历年，可是旧历年关，百姓和职员仍照旧例，即由腊月十九至正月十九，县官封印，不理民刑案件。“旧俗二千余年，此不易改变者也。”（336）依据公布的大总统令，书记官大约改为科长，朱峙三已在谋求退路。延至民国二年8月，终于辞职而去。
在任期间，朱峙三自觉最可称道者还是司法。清代政治之恶，于司法黑幕体现最为突出，孙中山为此一再撰文揭露抨击，并且作为必须推翻漙统治的重要理据。朱峙三后来追记道：
