与思想追求相符，恽毓鼎的行事也不能以守旧一概而论。他反对废除中小学堂读经，鼓动教育会向倡导其事的教育部提出抵抗。可是对于南北志士提倡国民捐，他虽然不甚赞同，却许为盛举，而且担任顺直学堂学生国民捐联合会的临时主席。他更像是在努力做一个合格的民国公民，而不是不食周粟的遗老。其时“京师新会林立，范围皆务为广大，而不顾其能否实行。以政群党为尤甚。几欲举国家大政，汉满蒙回藏五大族风俗政教，悉包罗而干涉之。余戏谓虽以大总统作会长，内阁总理作副会长，恐亦未能踌躇满志也。此社政会力矫虚夸之习，专就社会利病所在，发为言论，达于议院及地方长官，以谋兴革而进安全，庶几可收实益”。（586）恽毓鼎任会长的社政进行会提出的多项意见，如化除省界，多设工厂和养济院收纳乞丐，民国冠服必须用中国材料，禁赌，禁止女伶演**戏等，都不是站在与民国为敌的立场，而是正面表达自己的诉求，以求改进。尤其是该会的回教阿訇王宽等提议西行赴回疆，劝导回民勿受俄藏之愚，与中央抗拒，更是显然维护民国的统一和权威。
8月，孙中山到京，受到热烈欢迎。9月3日，恽毓鼎等人以“孙中山素持民生主义，与社政进行会宗旨悉符，函约相见。因与副会长李毓如丈、协赞唐修之、评议长孔仰恭代表全会，于十钟往访。宾客满堂，皆有求于中山者”。（606）5日，恽毓鼎等又赴孙中山茶会，来宾二百余人，孙中山致辞，“盛称北方气象胜于南方，从此猜嫌可以尽释，并畅论开放中国政策”。（607）章炳麟等也各有演说。10月25日，社政会第一分会成立，恽毓鼎“登台演说社会主义、社政会宗旨，并与诸会员约三事：一、会员当以人民为前提，抱定民生主义，热心毅力切实进行，期达利民初意。二、会员当以名誉为重，严守规则，尊重公德，不尚意气，不争权利，使社政会在世界有极大名誉。三、总会、分会当视同一家人……同心合力，使多数人民享最大之幸福”。（614）单看这样的要旨，很难想象是出自冥顽不化的旧人之口。
10月31日，梁启超在湖广会馆开茶话会答谢各界，恽毓鼎应邀前往，与梁启超互道仰慕之忱。恽毓鼎自称“向往任公十余年”，对其演说“甚不满于民国政治现象，谓前清政治机关完备，特腐败耳，得其人则法固可行。民国将机关拆卸殆尽，甚至并要件而失之。若不荟萃人才，亟谋建设，前途之危险不堪言”等意思，颇有同感，认为“皆平实不张皇”。（615）
恽毓鼎虽然社会活动繁多，内心却并不情愿，觉得“新立之会林立，大率皆为己之学，言国家言国民，特幌子耳”。（594）与不少讲官相似，恽毓鼎也属于自视甚高而不得志的一类。按照“达则为良相，穷则为良医”的座右铭，其所向往的还是从事医学，尤其是发扬光大中医。民元10月间，外界盛传其将得国史馆长。恽毓鼎觉得“虽较行政官员为可居，然非吾愿也。吾平生大愿，欲请巨款设一极大医学，以中医《内》、《难》长沙书为主，唐宋元名家为辅，而以泰西医学参之，附立伤科、产科、兼立医院，以为实地练习，药物检查，所以杜药肆伪混。开中华四千年未有之业，造亿万姓健全之福。此愿若遂，竭终身心力为之，不限止境，不营他业，庶几不虚生斯世乎？”（614-615）清季恽毓鼎曾奏设医学堂，“经理多不中程，又以款绌而废，至今以为憾事。倘得由国家发款，岁得十万金，在京师建绝大校舍，延聘名家，参以西说，而于其旁兼建医院，以资实验，收效必宏，中医庶有昌明之一日。虽使余终身从事于其中，亦所愿也”。（608）
恽毓鼎书法
在医学研究会全体会员大会演说时，恽毓鼎详尽阐明了自己对于中医的看法和抱负：
