傅斯年要在文史学领域竖起革命的大旗，首先必须分清自己与整理国故运动的界限，其中最主要的，还不是向顾颉刚的“古史辨”另立山头，而是划分与太炎学派的界限。所以，傅斯年的史学革命，其对象并非泛泛而谈的旧史学，他关于宗旨负面的三点，即反对“国故”，反对疏通，反对普及，虽然有与顾颉刚的直接冲突为背景，却是面向整个国学运动乃至整个中国文史学界而立论。他指责“国故本来即是国粹，不过说来客气一点儿，而所谓国学院也恐怕是一个改良的存古学堂”，打击面相当广泛，不仅包括北京大学国学门以及与之一脉相承的厦门大学国学院，还涉及傅斯年不敢轻视的清华研究院国学科（亦称清华国学院）。而反对疏通，固然有针对顾颉刚将传说过分理性化的条理系统，亦指胡适用索引、结账、专史的系统整理来部勒国学研究的资料，以及用比较的研究来帮助国学的材料的整理与解释，甚至可能指朱希祖等人提倡的用社会学和政治学的观念解释历史的社会科学化主张。
胡适代表北大国学门全体写的《〈国学季刊〉发刊宣言》，就批评清代三百年学术存在研究的范围太窄，太注重功力而忽略理解，以及缺乏参考比较的材料等三层缺点，声称：“学问的进步有两个重要方面：一是材料的积聚与剖解；一是材料的组织与贯通。前者须靠精勤的功力，后者全靠综合的理解。”清儒为纠正宋、明学者专靠理解的偏弊，努力做朴实的功力而力避主观的见解，结果矫枉过正，三百年间只有经师而无思想家，只有校史者而无史家，只有校注而无著作，非但完全不能在社会的生活思想上发生影响，而且敌不过空疏的宋学。此外，《〈国学季刊〉发刊宣言》还主张“使大多数的学子容易踏进‘《诗经》研究’之门”的普及，然后再去提高，为此，首先要索引式地整理国故，以“人人能用古书”，为“提倡国学的第一步”。[10]比较《旨趣》，傅斯年几乎就是针对这些话而反对推论设想，反对发挥历史哲学和语言泛想，主张存而不补，证而不疏，以及反对普及的。
整理国故的主流包括太炎门生和“疑古”派。相比之下，如果不论社会声势的大小，前者的势力和影响在学术界显然胜于后者。胡适和顾颉刚等人与太炎门生早有分歧摩擦，只是鉴于双方在新文化的旗号下有不能不合作的时势，才没有公开翻脸。傅斯年尽管与胡适有分歧，与顾颉刚有矛盾，其史学革命还是以两人为同道，他积极争取胡适南下，又坚持推顾颉刚在历史语言研究所任文籍考订组主任之职[11]，除了过去的渊源，主要还是基于当前的共识。而共识的一个重要方面，便是公开与太炎学派断然决裂。
在北京大学教职员中，素有所谓法日派与英美派的明争暗斗，具体到研究所国学门，便是留日出身、同籍同系的太炎弟子与异籍异系如胡适、顾颉刚等人的矛盾。只是在反对派声音尚高的情势下，冲突还不能公开化。对于章太炎本人，胡、顾二人还保持相当的敬意，不过认为其学术已经过时或者“半僵”。顾颉刚虽然将章太炎与胡适、梁启超同列为国学五派中第四派即学术史的代表[12]，却以其为十年前争胜的对象。胡适仍以章太炎为中国今日十二个大人物中学者组三人的为首者，但也认为“章先生的创造时代似乎已过去了”，而同组的罗振玉、王国维还在努力的时代，“他们两位在历史学上和考古学上的贡献，已渐渐的得世界学者的承认了”。[13]
