争胜便不免有异同分合。陈垣以研究古教成名，也由此与伯希和结缘。尤其是关于摩尼教的研究。1923年4月，陈垣在北京大学《国学季刊》第1卷第2号发表《摩尼教入中国考》，以京师图书馆所藏敦煌摩尼教经残卷，参照其他相关史料考证宗教史。此问题及资料，沙畹、伯希和十年前已经做过研究，并在《亚洲报》发表《研究京师图书馆藏敦煌摩尼教残经》，内容与陈垣文多相类，而陈并未看过沙、伯二人的论文。此事被时人断为水准相近者用相同材料研究同一问题，其结论往往相似的典型。陈垣文后出，所引材料及探讨问题较前人详备，或认为论及此事者虽有蒋伯斧、伯希和、王国维等数人，“具体解决者，只有陈援庵一人”。[1]伯希和看到陈垣的论文，即致函陈垣，查询有关宋元间摩尼教流入福建的情形，尤其关注耳闻已久的福州乌石山刻有二宗经、三际经的两块宋碑。[2]陈接信后，即托樊守执代为查访。樊氏先是设法坐实伯希和是否由龚易图处获得信息，继而到乌石山及其支脉的各宫观、寺庙、祠堂、宅邸及沿山石崖寻访多日，均无发现，遂断定“乌石一山实无该经石刻、木刻或经卷”。[3]此事虽无结果，却是陈垣与伯希和文字交往的发端。
伯希和与中国学者结缘，敦煌遗书是重要媒介。1924年陈垣将北平图书馆藏敦煌经卷八千余轴，分辨类别，考订同异，编成目录，名《敦煌劫余录》，据说取其历劫仅存之意。1930年付梓时，陈垣自序，中有“（清光绪）三十三年，匈人斯坦因、法人伯希和相继至敦煌，载遗书遗器而西，国人始大骇悟”。友人劝以序中不要直接提名，因为二氏来中国，在学术界集会上彼此还常见面，而且“劫余”二字太“刺激”，是否改一名称。陈答称：“用劫余二字尚未足说明我们愤慨之思，怎能更改！”[4]是书1931年由历史语言研究所印行。两年后伯希和对陈垣推崇有加，并不以“劫余”之斥为忤。陈垣与伯希和关于学术为天下公器和学者民族感情相辅相成的态度，成为那一时期中外学术交流进入相对正常的发展轨道的重要基因。
陈垣与伯希和学术交往的另一领域为元史研究。清代学术，经过咸同时期大动**的冲击，到光宣时正统考据学呈现复兴之势，而研究领域有所转移，元史及西北地理学为最流行的几种学问之一。[5]伯希和始终关注中国学者的蒙元史研究进展，并不断予以评介。[6]1933年伯氏来华，特将苏俄国家学院所藏《元秘史》影本十五卷六册分赠北平图书馆，并与陈垣谈及该本的来历。陈垣阅读一过，致函伯氏，表示“至深感谢”之外，考证此即韩泰华本，亦即鲍廷博从《永乐大典》钞出，并从刻本补写之本，希望用该本合自己所藏文廷式钞本再校一次。[7]为此，陈垣还致函陈寅恪，询问有关意见。后者答称：“《秘史》韩本前在巴黎伯君家匆匆一见，亦不知其与叶刊优劣如何也。”[8]是年夏，北平图书馆赵万里从内阁大库故纸堆中发现洪武椠本残页以及《华夷译语》。陈垣比较各本，发现《元秘史》汉译音义兼备的规律，写成《元秘史译音用字考》。[9]
后来伯希和继续注意此项研究的进展，1935年再度来华，即向北平图书馆副馆长袁同礼索借有关资料。而这些资料当时还在陈垣手中。为此，5月1日袁同礼致函陈垣：“前尊处借用《元秘史》、《华夷译语》、越缦堂手稿本及《新会县志》等书，如已用毕，拟请费神检出，交去人携下为感。内中有数种拟交伯希和一看，渠日内来平也。”[10]是年5月5日、18日，伯希和先后出席了北大外籍教授钢和泰、中研院史语所所长傅斯年和陈寅恪的宴请，5月29日，陈垣长校的辅仁大学宴请伯希和夫妇和另一天主教中的人类学者[11]，其中一些场合陈垣理应陪座甚至作东。如果推测不谬，这当是陈垣与伯希和最后一次见面。
