1925年元月，郭秉文被免职。这件事的意义已超出这位“国立东南大学之父”的个人悲剧的范围。对于这位现代教育原则创始人和留美学生会保护人的攻击，意味着新教育改革运动开始衰退。1925年以后，郭秉文不再是中国教育界的领袖人物。从此以后，他一直旅居海外，为中国和国际的教育界服务。
郭秉文的下台在很大程度上是中国内部政权更迭的结果。自从1920年东南大学成立以后，在学校发展的过程中，郭不可避免地要同向学校提供经费的北洋政府及其代理人江苏都督交涉。郭与这些人的关系，以及学校的某些董事（特别得力的是黄炎培）与直系军阀的联系，正好成为国民党为了获得北方支持而加以攻击的借口。国民党领袖孙中山曾在1923—1924年致函郭秉文，赞扬他的业绩，并公开邀请他参加革命大业。但是，如果这样做的话，那对郭和东大都意味着是场毁灭，势必毁掉这所创办于辛亥革命期间的大学。
当时，江苏都督齐燮元一向支持郭的学校。但是，在1924年9月，齐与浙江军阀发生了战争。齐把全省一切财政收入转为军费，中止了学校经费。1924年秋，战争以直系军阀与齐燮元的失败而告终，这时，郭正忙于阻止教职员工的索薪斗争。
当时的胜利者之一段祺瑞比他的盟军孙中山先生及其国民党抢先一步，于1924年底攻占了北平。段指定马叙伦任教育部长，他根本想不到马竟然在不久以后成为国民党在北平的地下组织成员之一。马叙伦成为国民党地下组织宣传部门的负责人。回顾东南大学的事件，这是个很重要的线索，因为马叙伦和东南大学中与郭秉文持不同意见的教授一向就有密切的革命联系，有的甚至可上溯至1911年。特别是东南大学科学社的杨杏佛教授，更是马叙伦的老熟人。杨杏佛在校内一向公开反郭，一直到1924年，他被郭秉文从东南大学清洗出去为止。郭之被免职，根本原因就在于1924年后北方国民党人的影响。
杨杏佛是毕业于康奈尔大学与哈佛大学的留学生，他既是郭秉文聘用的人也是郭秉文的眼中钉。杨杏佛曾积极参加推翻清朝的革命，1912年任孙中山的私人秘书。第二年政府送他去康奈尔大学学习。他的经历不同于其他学生。郭曾在俄亥俄州的奥斯特（Wooster）大学攻读学士。1919年，郭秉文任用杨杏佛为商科主任。这时，杨杏佛坚决支持孙中山，完全支持消灭北方的军阀势力。他是科学社中一位有影响的人物。由于东南大学的扩展，杨杏佛的一些志同道合的朋友相继被聘为理科教员。他们同北平的早期革命者都有直接的联系，同浙江派例如马叙伦等也有直接的联系。
马叙伦和汤尔和（187—1940）都是浙江人，早在辛亥革命前在上海搞地下斗争时，他们已经是把兄弟。作为北平地区的著名学者，马、汤及其老师，著名的浙江学者陈黻宸，在说服国民党任命他们的同乡好友蔡元培为国立北京大学校长一事中，起了很大的作用。另一位浙江人任鸿隽，当辛亥革命胜利时，是南京地区的积极分子，与孙中山颇有私谊。任与杨杏佛在康奈尔大学协力组织科学社，他的专业是化学。继在北平教育部任职后，任鸿隽于1923年被任命为东南大学副校长。科学社在他的支持下日趋巩固，并在大学政争中成为一个强有力的组织。在郭秉文的被解职一事中，可以看到科学社与教育部关系的影子。
由于同郭秉文的关系日益恶化，杨杏佛在东大从一个系调到另一个系，一直到他所任职的商科1924年被齐燮元撤销为止。杨杏佛被迫离校，南下广东投奔孙中山。待到齐燮元下台，郭秉文被解职后，杨杏佛作为孙中山的秘书又陪同孙北上。
