这一仗没用半个时辰便结束了，明军仅以微小的代价不但成功营救了郑鸿逵和郑成功叔侄，还轻而易举的拿下了大小金两座岛屿，俘虏了包括郑芝莞在内的郑家军8600余人，明军仅伤亡几十人，一发炮弹没用，这一战打的绝无仅有的漂亮。
这时朱由崧的大船停靠在大金门岛，到处都是明军将士，打扫战场，看押俘虏，搜集战利品的情景。
朱由崧看得欢喜，弃船登岛，大小金门也称得上一座宝岛了，朱由崧借机游览了一下岛上的风光，接着郑鸿逵，郑成功，刘国轩，李全，柳春红相继来见驾。
郑鸿逵，郑成功叔侄跪倒在朱由崧面前请罪，“臣等无能，累及陛下亲征金门，请陛下降罪。”
朱由崧知道他们叔侄说的是前者上了郑芝龙的当兵败被囚之事，便笑道:“胜败乃兵家之常事，二位爱卿大义灭亲，对朕忠心耿耿，何罪之有？”
朱由崧说着把他们俩扶起来，这时郑芝莞被带到面前。
朱由崧看了看五花大绑的他，知道这是郑氏家族中的重要人物，思明州的主将，便道:“朕看在鸿逵和成功二卿的面子上，可赦免你的对抗朝廷之罪，希望你不要再为非作歹。”
说完命人把绑绳给他解开了，郑芝莞感念朱由崧的不杀之恩，也看到隆武帝和郑芝龙难成大事，于是投降了朱由崧。
朱由崧当即传旨，任命郑芝莞为金门总兵，让贺金武为副总兵，给他们俩留下3000水师，负责大小金门岛上的军事防御，重新修筑岸上的防御工事，炮台等。
郑芝莞没想到朱由崧这么器重他，不但没有杀他，还给他兵权，让他守岛。郑芝莞感激涕零，从此死心塌地地归顺了大明朝。
在岛上仅住了两天，朱由崧便带着贺宣娇，刘文秀，郑成功，郑鸿逵，刘国轩，李全夫妇等，率领水师主力返回厦门岛。
