然后朱由崧从御营开始，改革军队。重建火枪营，即御营中的火枪营，御营最初是5000人，后来扩展到一万，现在朱由崧裁员。
御营定额为4000人，其中3000铁甲骑兵，这是他的王牌之师。一千火枪营。其他的兵种什么工程兵，炮营等皆不在御营之列。
御营为第一禁卫军，负责皇上的贴身安全，锦衣卫为第二禁卫军，东厂为第三禁卫军。第二，第三禁卫军负责皇宫的安全，并为皇上专门搜集情报的特务机构，能够监视和直接逮捕百官及各行各业的人，凌驾于三法司之上。
禁卫军有皇上直辖，三大禁卫军的指挥使是直接对皇上负责，隶属于兵部之外。
然后成立远征军，远征军属于中央军，以区别于地方各省的军队。远征军从地方各营，以及京营兵等各兵种中选拔，或者根据需要招募。
远征军的主要作用，顾名思义就是开疆拓土，远征四方。地方军的主要任务是维持治安，和各衙门的正常秩序。
远征军主要由马军，步军、水师，炮兵，特战兵等五大部分组成。
特战兵由弓箭营，火枪营，白杆兵营，工程兵和爆破兵等兵种组成。
这里的弓箭营不是普通的弓箭手组成，朱由崧要把这些为数不多的弓箭营训练成狙击手营，特战营射箭这一块的教官当然有张环负责。
按照先训后战的思想，各军种各营先组织和招募军队，选拔苗子，然后开始训练。
马军有李自成，李定国，马万年，陆校等负责挑选招募和训练，步军由张献忠，袁宗第，李过，高一功等负责挑选招募并训练，水师由贺兆雄和刘文秀负责挑选，招募和训练，炮兵当然是由李柱石负责，他们首先当然都是教官角色。
远征军初步定额为30万，其中，马军5万，步军10万，水师5万，炮营3万，特种兵营2万。
另外有综合补给营，综合补给营5万，由兵部尚书刘肇基和御马监掌印太监李国辅共同监管，具体由张乃，双喜负责，战时负责为各兵种补给粮草，弹药，军需设备等。
