相对于部委院校和教育部直属院校而言，地方高校具有先天的劣势。例如，教学方面，生源质量低、办学经费少、师资力量差，使其难以培育大量精英人才；科研方面，科研队伍层次低、科研投入经费少、研究方向不固定，使其很难开展高水平的研究和承担国家级科技攻关任务等。但是在区域创新方面，地方高校具有全国重点高校不可替代的优势，是区域内科技创新、技术转移和成果转化的重要载体与平台，是区域人才培养、知识创造、积累与传播的重要基地，是传播科学精神、科学道德以及精神文明和文化建设的主要阵地。地方高校在区域创新体系建设进程中担负着光荣而艰巨的使命，应得到地方政府和社会的重视和支持。同时，地方高校与全国重点高校一样，应主动参与区域创新体系建设，发挥引领和支撑作用，为区域经济社会发展贡献力量。可以说，地方高校是区域科技进步的主力军，地方高校是区域内人力资源的主要培养者、知识创新的主体，地方高校是社会发展的重要推动力量。所以，我们应采取措施推动地方高校融入区域创新体系。
（一）理顺地方高校与其他主体之间的互动机制
传统体制下的政府对创新体系各主体实行计划配置，虽然这有助于重大科技目标的实现，但很难发挥产、学、研、用等单个主体的积极性。随着改革的深化，计划机制的作用在减弱，但现有的创新中介机构和支撑服务体系较为薄弱，无法发挥市场机制的作用。同时，区域创新体系主体性要素所处的外部环境不够理想，如人才的流动受到社会保障体系和人才政策的束缚，科技成果的产业化受到融资体制的限制，政府科技信息等公共产品供给的缺失导致区域创新体系互动机制的缺位。
加强高校与地方合作最有效的手段和途径就是建立地方高校与地区龙头企业长期稳定、互惠共赢的产学研战略联盟，构筑合作创新平台，将高校优势科技资源系统地注入支柱产业、新兴产业的发展中，实现产学研合作由短期合作、松散合作、单项合作向长期合作、紧密合作、系统合作的转变。高校应瞄准地方科技创新需求，有组织、跨学科地与省市共建科技创新平台，积极承接省市委托的重大科技项目，推动区域自主创新体系的完善和产业结构的升级。
地方高校与地方共建大学科技园，引入更多应用研究和高新技术成果，重点围绕新能源、新材料、生物制药、光电、信息、软件及集成电路等新兴战略产业急需的项目成果进行培育，力求使一批拥有自主知识产权的高新技术成果及应用研究项目实现产业化。
（二）理顺地方高校内部科研管理机制
地方高校应突破传统的科技管理体制框架，建立适应服务地方需要的科技管理体制。在科研人员管理方面，对工作在第一线的科研主力设立相应的绩效考核方式，不拘一格用人才，发挥科研骨干的积极性和创造性，解决科研人员的后顾之忧；在科研项目管理方面，建立基础研究与应用研究并重的评价体系，不以项目级别论英雄。对横向课题和纵向课题实施相同的考核标准，对应用性研究和基础性研究给予相同的地位，对从事应用研究的人员和从事基础研究的人员给予相同的待遇。突出应用研究和社会服务在大学发展中的重要地位，将专利和专有技术及其科技成果转化效益作为评价应用研究的主要指标。在科研交流与合作方面，成立专门机构负责学校与地方政府、企业和科研机构的交流与合作。
（三）建设立足市场服务地方的创新型人才培养机制
地方高校应突破学科传统布局，以支持地区产业结构调整为目的进行学科布局的调整。一方面，地方高校在区域创新体系中应明确所承担的育人责任，注重实用型人才的培养，依托地方经济、产业和技术结构的特征和当地文化资源预测筹划学科建设，合理设置专业，很好地为地方经济持续发展提供科技支撑；另一方面，加强高校与企业之间的联系，与地方龙头企业或新兴行业联合设置课程，使课程设置满足企业创新需要。地方高校在培养人才方面要有一定的针对性和定向性，能培养地方上留得住、用得上的急需的高层次人才，实现复合型、应用型、创造型三者整合统一的人才培养目标。
（四）建立校地合作双向互动的服务机制
区域经济社会发展水平和地方高校相辅相成。地方高校应立足地方，面向全国，以人才和科技创新力量推动区域经济社会进步，树立校地合作、为地方经济发展服务的办学理念。地方高校应加强科技服务，普及科学，推广先进技术；应有意识地建立以自身为龙头，职业教育、培训网络为依托的科技成果推广体系；应从地方经济社会发展的紧迫需求出发，切实解决当地发展中的关键问题，在地方科技创新体系中发挥重要的骨干作用。同时，高等学校要承担起帮助中小企业改造传统技术，应用新技术、新工艺的职责，帮助中小企业采用新的生产方式和管理模式，提高产品质量，开发新产品，增强市场竞争力。
