“党委领导下的校长负责制”是我们现阶段对高校管理体制的选择，我们必须从贯彻科学发展观和创新发展理念以及提升高校创新力的视角去完善党委领导下的校长负责制的高校领导体制。坚持并完善党委领导是保障高校政治先进性，维护高校和谐稳定的前提。与此同时，我们也要看到党委领导下的校长负责制在当前的校务管理中容易导致党委与行政分工不明、权责不清以及主要领导人职责与职权行使方式不清晰、相互关系不明确的现象。[28]在促进高校创新力提高、建立现代大学制度的时代背景下，我们应努力将党的领导与高校管理改革有效结合起来。因此，从明确并统一权责、理顺管理关系出发，以《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》为契机，积极探讨高校董事会或理事会制度，尝试将学校管理方面的决策职权移交董事会或理事会，使其成为真正意义上的高校重大问题的决策机构，实现有效的集体领导与内部监督。董事会或理事会的组成，应该按照法人结构治理的要求，设立一部分由教师、学生代表以及校外人士担任的董事，克服目前常委会内部制衡不足以及决策缺乏外部性的问题，同时也能够更有效地实现学校重大事务的民主决策与共同治理。
3.从维护师生民主权利，发挥个体积极性的基础上，改善高校内部学术组织
教授委员会、学术委员会、高校学生会等学术组织，应该首先明确其定位。它们不是被领导、组织、管理的对象，而是对高校实施共同治理，践行高校自我管理的组织实体。这些组织中的成员个体才是高校管理的主人。明确其主体地位，彰显其主人翁的地位与作用，才能够对高校内部行政权力进行有效的制衡。同时，在学术组织成员的遴选上，我们应在遵守“民主集中制”的前提下，扩大“民主”，制衡“集中”，实现学术组织成员在高校内部最广泛的民主选举与罢免，从而使其真正能代表学术团体，尤其是高校教师的意愿与利益，也能实行广泛、有效的民主监督。
与此同时，高校内部学术组织的改革与完善，除了尊重师生主体性，践行民主原则之外，也应该深谙学术自由之于高校学术组织的要义。学术自由，尽管从其本意上来说是自由探究新知而不受任何势力干涉，但就词语本身来看，学术自由是一个偏正词语，自由乃是其核心要义。我们可以在宪法规定的范围内，逐步、稳妥地在高校内部管理组织上实现相对的民主与自由。余英时先生曾有言曰：“学术自由是一般的自由在学术方面的伸展。”[29]高校内部师生群体首先是自由的个体，其次才是享受学术自由权利的学术人。明确这一点，我们就会对高校学术自由有着更进一步的理解。据此，我们在尊重高校师生学术自由的同时，也一定要尊重其自由独立的个性，唯其如此，方能将高校师生的聪明才智最大限度地激发出来，进而也能够据此促进其投身高校建设与发展的热情。
4.高校学术组织亦应注重提高自身素质，自立自强
学术组织应将学术研究作为毕生从事的事业，而不是将学术职业作为一己荣华富贵的敲门砖。真正意义上的学术自治只有在那些以学术为业的团体中才能真正实现。正如龙宗智所言：“教授自治体和一个高素质教授群体出现，那才能真正实现学术自治。”[30]唯其如此，促进学术发展的学术同行评议制度才能得以完善，高校内部的学术共同体方能在真正意义上形成，保障创新的学术权力基石方能得以牢固。
以上从制约高校学术权力发挥的最突出层面，简要探讨了保障学术权力的制度设计。在当前社会转型的背景下，高校长期以来在行政化管理背景下所形成的路径依赖与行为习惯，导致部门利益错综复杂。因此，我们必须充分认识到学术权力在当前的特殊性以及当前大学伸张学术权力的复杂性，明确学术本位基础上的学术权力、学术自由、学术自治、学术权利等诉求的内在一致性，尊重高等教育自身发展的规律，逐步推进高等教育改革，进而促进教育创新力的提高。
