三是创新型人才短缺使得国家创新系统难以获得可持续性发展。在国家创新体系建设中，人才发挥着纽带作用。当前我国创新人才短缺已经成为国家创新系统建设面临的最严重问题。从人才总量来看，我国劳动人口中的人才密度依然较低。经合组织2009年数据显示，我国每千名劳动力中的研究人员数量在所比较的35个国家中排名倒数第5，而世界主要创新型国家这一指标排名均靠前。从人才资源的素质来看，《中国人才发展报告（2010）》认为，从总体上看，中国基本进入了人才资源综合实力强国的行列，但这主要依托于中国巨大的就业人口规模，而不是中国人才资源的平均科学文化素质。中国人才资源的平均素质，不仅远远落后于发达国家，而且也大幅度落后于一般的发展中国家。我国的领军人才匮乏，在世界6400余位高被引科学家中，我国大陆地区目前仅有37位，香港地区有20位，台湾地区有13位。国内（不含港澳台地区）高被引科学家仅占全世界高被引科学家总数的0.06%，不仅远远低于美、英、日、德等发达国家，也低于印度、俄罗斯、巴西等主要发展中国家。[56]一方面，适应经济发展的新产业、新行业的人才更是短缺。例如，教育部等六部委联合发布的《紧缺人才报告》显示，由于中国的任何大中专院校都没有汽修市场专业，导致汽修市场人才奇缺，到2010年我国汽修人才需求量至少存在80万的缺口。[57]又如，截至2015年年底，中国网民规模达到6.88亿，互联网普及率达到50.3%。中国手机网民规模达到6.20亿，网络视频、网络音乐、网络游戏和网络文学等娱乐应用规模不断增长。2015年12月，我国网络游戏用户达到3.91亿。[58]据非官方的统计数字显示，目前中国动漫游戏人才缺口达到了30万。另一方面，当前我国的教育系统尤其是高等教育系统面临着质量和声望危机，优秀人才大量流失。例如，从1999年到2009年，中国始终是美国国际博士生的最大来源国，占到了美国国际博士生数的45%，其中约90%都集中在科学与工程领域。美国《纽约时报》公布的数据显示，2002年在美国拿到科学和工程博士学位的外国留学生，到2009年仍然滞留在美国的比例以中国内地比例最高，大约91%。[59]2008年7月，美国《科学杂志》把清华、北大比作“最肥沃的美国博士培养基地”，因为美国一项研究报告称，查询任意一个2006年美国博士学位获得者的大学本科院校，答案最有可能的是中国的清华大学，次之是北京大学。因此，2007年的《全球政治与安全报告》显示，中国是世界上最大的移民输出国，更是精英人才第一大流失国。
四是教育创新缺失使得协同创新缺乏根基。成熟的国家创新系统是分工明确且各要素之间能够有效协作并最大限度地发挥自身能量的系统。创新既不单纯是企业的事情，也不单纯是科研机构的事情，它需要动员社会各种力量有效合作和沟通，共同致力于国家创新事业。与我国企业羸弱的创新力量相比，高校具有很强的研发和人才培养的能力。但企业与高校间相互促进、相互影响的互馈机制和联结网络尚未建立起来，导致知识传播与知识应用脱节。从一些创新型国家的经验来看，知识传播与应用、科研与教育的结合所产生的效果比单纯的某一个活动更有效。长久以来，作为知识传播者的高校和作为知识应用者的企业之间联系松散。一方面，高校的很多课程设置脱离企业的需要，学生在学校难以及时获取企业最新的知识和技术，导致教育所培养的人才不能成为企业急需的技术创新的主力军；另一方面，其他创新系统与教育体系缺乏合作使得最实用和前沿的知识技术难以及时回流到教育体系中，作为最新知识及时传递给学生。
自主创新，人才优先，教育为本。成功的富于竞争力的创新并不一定局限于技术领域，竞争优势的获得关键在于能够充分发挥自身的资源、技术和产业的综合优势。作为传统的人力资源大国，实现从大到强的转变需要教育创新，封闭、守旧的教育系统难以承担国家创新赋予的艰巨使命。国家创新系统建设要以实施国家教育、科技、人才三个规划纲要为契机，大力推进教育与科技、经济的紧密结合，推动协同创新，充分发挥高等教育作为科技第一生产力和人才第一资源结合点在国家发展中的重要作用，实施教育创新联合行动计划，使教育创新体系成为国家创新系统中最为活跃、最具竞争优势的创新要素。教育或学校（特别是大学）作为社会创新网络最大的“节点”，它发挥着集结与辐射的作用。只有集研究、人才培养于一体的教育创新体系的建立才能够将各创新主体及体系有效整合，形成合力，共同致力于国家创新能力的提升。
